Sep2----打开Mega软件新建比对，如图
选择蛋白质比对
Step3----将目的文件直接拖入Mega的比对框中打开
Step4----选择用clustalW进行比对，后面一直点OK就行
生成了一个根据相似性比对的结果
Step5----导出比对结果为fasta格式（虽然导出为fasta，但注意此文件后缀为fas!）
6----用genedoc的import功能导入上述fas后缀文件，done
7----用project中的configure调整每行残基数目，以及是否显示consensus列
8----调整好configure的各参数，勾上select选择导出行，输出结果至RTF文件
9----大功告成！RTF文件即一个Word，在里面可以按需求再次编辑。效果如图
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