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pubmed的使用方法

2022-07-25 来源:好走旅游网
近年来,利用计算机进行文献检索已逐步代替传统的手工检索,随着Internet的普及,我们可以随时随地通过国际互联网来检索获得免费的医学文献,这是一条文献检索新捷径[1],特别是进行MEDLINE检索,既简单又实用[2]。现在有多个机构提供免费的网上MEDLINE检索服务,其中由美国国立医学图书馆(NLM)所属的国家生物技术信息中心(NCBI)建立的PubMed数据更新快[3],检索系统完善,深受广大医务工作者和图书情报人员的欢迎。由于PubMed检索系统在不断完善和加强,要快速、全面、准确地在近4千种医学期刊、1千1百万条数据中检索出符合自己要求的资料[4],并不容易。下面介绍最新版本(2000年9月版)的PubMed使用方法。

1. 进入PubMed

在浏览器的地址栏内输入

Pubmed

的网址:

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/PubMed/ 后按回车键,就进入PubMed的主页,开始检索。 2. 普通检索

在检索式提问框中输入一个或更多的词(例如:vitamin c common cold),然后按回车键或用鼠标点击\"Go\"按钮,PubMed就会利用\"自动词语匹配\"功能将重要的词或词组用\"AND\"组合在一起进行检索(见图1)。输入的词可以是自由词、主题词、或其他指定字段。由于主题词检索的文献更全面、更准确,应尽量使用主题词/副主题词检索。对于某些新的技术词汇、新药、新方法、新疾病等,还没有相应的主题词时,应该用自由词检索。

3. 高级检索

使用逻辑词AND, OR, NOT(例如:vitamin c OR zinc)、指定文献记录字段名称检索、使用医学主题词(MeSH)/副主题词组配格式检索,如neoplasms/diet therapy[mh]。不久返回检索结果,检索提问框仍出现在页面顶端,并显示您刚才输入的检索词。您可以在提问框内、点击\"Details\"或\"Limits\"按钮再修改检索词。

3.1 PubMed检索规则和语法

①布尔运算符AND,OR,NOT必须大写,例如,vitamin c OR zinc; ②PubMed从左至右进行布尔运算。不过,你可以通过加圆括符改变运算顺

序,如common cold AND (vitamin c OR zinc)。括弧内的字段是作为一个整体来处理的。

③如果输入的字段含有主题词组,PubMed优先按词组检索。如果不希望这样,应该加布尔运算符。例如输入:air bladder fistula,PubMed会将\"air bladder\"作为词组。此时应输入:air AND bladder AND fistula。 ④字段标记符(tag)使用规则:只能在词后加字段标记符,如:romatherapy [mh],必须用封闭的方括弧[ ],大小写和空格会被忽略,如crabs [mh] = Crabs[MH]。

⑤日期格式:采用YYYY/MM/DD[DP]格式,如1998/03/06[dp],1999/10 [EDAT]。月和日可以不写。输入日期范围则用冒号连接,如1996:1998[dp],1998/01:1998/04[dp]。日期字段标记符有3个: Date of Publication [DP] :出版日期

Entrez Date [EDAT] :进入PubMed的日期。

MeSH Date [MHDA]:该引文被 MeSH 主题词编入索引的日期。 ⑥期刊标记符有3个:

jsubseta - Abridged Index Medicus 只检索《医学索引》的期刊 jsubsetd - Dental 只检索《牙科文献索引》的期刊 jsubsetn - Nursing 只检索《护理学索引》的期刊 例如: neoplasms AND jsubseta

⑦检索须有摘要的文献,使用 \"hasabstract\"。 如: neoplasms AND hasabstract

⑧检索印刷前的引文,使用\"pubstatusaheadofprint\"。 例如: pubstatusaheadofprint AND gene 3.2. PubMed的检索语法

检索语法格式是:检索词[tag] 布尔运算符 检索词[tag]

例如:要检索作者Dr. Crick在1993年撰写的关于DNA的文献,格式是: dna [mh] AND crick [au] AND 1993 [dp]

要检索关于热或潮湿与多发性硬化的关系,格式是: (heat OR humidity) AND multiple sclerosis

检索学龄前儿童哮喘治疗的英文综述文献,格式是:

asthma/therapy [mh] AND review [pt] AND child, preschool [mh] AND english [la]

3.3 作者姓名检索

输入作者姓名时应采用姓+名(名的首字母缩写,不用标点符号)的格式,例如SmithJA。PubMed将自动地截取作者姓名中名的首字母以适应不同的名缩写。如果只输入作者的姓,PubMed会在包括作者字段在内的所有字段进行检索,但如果作者的姓是一个MeSH词的时候除外,例如输入Yang,则PubMed将只检索:Yin-Yang[MeSH]或Yang[Text Word]。此外,如果使用双引号\"\"将作者的姓全称和名的第一个首字母引起来,并用作者检索字段标识符[au]限制,如\"smith j\"[au],PubMed将关闭自动截词,且检索姓名中名只有一个字母缩写的作者。 3.4 期刊名检索

包括期刊名全称(如molecular biology of the cell)、期刊名MEDLINE缩写(如mol biol cell)、国际标准连续出版物号(ISSN,如1059-1524)。例如,如果输入\"New England Journal of Medicine\",PubMed将按\"N Engl J Med[ta]\"

查询。应注意:

① 如果杂志名也是一个MeSH词,例如Gene Therapy, Science, 或 Cell,PubMed只会按MeSH词来检索,要想检索杂志名,必须加字段标记[ta],如 gene therapy [ta]。

② 对一个单词的杂志名,也必须加字段标记[ta]。

③ 尽量使用期刊名全称和期刊名MEDLINE缩写检索,在早期的文献中,ISSN号是不能保证检索完全的。 ④ 如果杂志名带有参数或引号,应该去掉这些参数或引号,如:J Hand Surg [Am]应该以 J Hand Surg Am 键入。 3.5 截词检索

可以在词尾加*号,来检索有一样词头的所有词, 如输入 bacter*,则会检索 bacter, bacteria, bacterium, bacteriophage 等词,但不会检索带有空格的词组,如 bacteria control。PubMed只能检索前150个相符合的词。此外,截词检索将关闭自动词语匹配功能,也不能进行扩展检索。如:heart attack*不会匹配MeSH词,也不会扩展检索myocardial infarction、myocardial stunning、shock、cardiogenic这些方面的文献。

3.6 强制词组检索(规定Pubmed检索一个词组)

一般情况下,如果PubMed检索在常用词组列表中已有的词组,如poi-son ivy,PubMed就会把它作为一个词组来检索。但有时Pubmed可能找不到相应的词组,如果输入的词组,在PubMed的词组表中没有时,PubMed 会拆分词组,如您输入:single cell,PubMed会分成 \"single\" 和 \"cell\" 分别检索,如要强制检索single cell,必须加双引号,使得PubMed将其当作一个词来进行检索,即写成 \"single cell\"。需注意的是,使用双引号规定PubMed进行词组检索,PubMed就不会执行自动词语匹配功能和扩展检索功能。 3.7 检索细节

点击Details按钮,可以查看和编辑检索情况,即可以增加或删除检索词,如图2。

还可以从检索细节窗口保存检索项目:点击URL按钮后,用浏览器的书签(或收藏夹)菜单将目前的检索项目作为URL地址以书签形式保存,以便下次再检索。

4. 限定检索(Limits)

如图3,可以对多个选项限定检索,以缩小检索范围,提高检索准确率。完成后将出现如图4的核对框,显示限定的字段。

限定字段检索的项目有: 4.1 字段选择

可选择:所有字段(All Fields)、作者地址、作者姓名、期刊名、ISSN号码、语种、MeSH词、副主题词、页码、出版日期、自由词、标题词、期刊卷号、数据库更新代码、物资名称等22个选项,默认选项为All Fields。

4.2必须有摘要的文献(Only Items with Abstracts )

为复选框,选中后检索出的文献均有摘要。注意1975年前的文献是没有摘要的。 4.3 出版形式(Publication Types)

包括:

Clinical Trial 临床试验 Editorial 编辑按语 Letter 读者来信

Meta-Analysis 荟萃分析 Practice Guideline 实践指南

Randomized Controlled Trial 随即对照试验 Review 综述

4.4 出版语种(Languages )

PubMed 引用了近40种语言的期刊。但下拉式菜单中只有最常检索的几种语言供选择:英语、法语、德语、意大利语、日语、俄语和西班牙语。如您没有限制语言,PubMed会检索所有语种出版的文献。语种的字段标记符一般取英文的前3个字母表示,如汉语为[chi],德语为[ger],但日语例外,为[jpn]。 4.5 年龄(Ages )

可在下拉式菜单中选择其中一项。

All Infant: birth-23 month 出生到23月龄的婴儿 All Child: 0-18 years 0~18岁的儿童

All Adult:19+ years 所有成年人(19岁以上) Newborn: birth-1month 新生儿(出生到1个月) Infant: 1-23 months 婴儿

Preschool Child: 2-5 years 2~5岁的学龄前儿童 Child: 6-12 years 6~12岁儿童

Adolescent: 13-18 years 青春期13~18岁 Adult:19-44 years 19~44岁成年人 Middle Aged:45-64 years 45~64岁 Aged:65+ years 65岁以上

80 and over: 80+ years 80岁以上 4.6 性别(Gender)

4.7 人或动物(Human or Animal) 4.8 子项(Subsets ) 包括:目前有9个数据库或过滤检索系统可选:AIDS、AIM、Dental、MEDLINE、Nursing、PreMEDLINE 、Publisher、PubRef、Toxicology。其中MEDLINE, PreMEDLINE和出版商直接提供的电子出版物文献( Publishers)较常用。 4.9 文献进入MEDLINE的时间

有30天、60天、90天、180天、1年、2年、5年和10年选择。 4.10 出版或进入MEDLINE的时间段

应输入时间范围。按照年/月/日的格式。

5. 利用预览/索引(Preview/Index)检索

使用预览/索引可以:预览检索出的文献数量,加快显示速度、一次性地增加检索词来精确检索、增加检索词来检索某些特殊领域、从索引中查看和选择检索词。例如:要检索以\"chickenpox\"为头的MeSH词,先选择在下拉式菜单的MeSH Terms,在检索框内输入chickenpox,再点击Index按钮。滚动索引Index

窗,高亮显示\"chickenpox vaccine\",点击AND按钮,\"Chickenpox vaccine\" 就会出现在检索提问框内(图5)。

注意: Preview/Index 只能显示最近三次检索的预览结果。而历史(History)窗口能显示多达过去100次的检索请求。

6. 利用历史记录(History)检索

PubMed 能保存您所有的检索请求和结果。历史窗口显示检索序号、检索请求、检索时间、检出的文献数(图6)。点击检索结果数字,可以阅读检索出的文献。 也可以将历史检索合并,重新检索。方法是在检索序号前加#号,如 #2 AND #6, 或 #3 AND (drug therapy OR diet therapy)。再按Go按钮开始重新检索。

注意: ①历史记录最多保存100条。②若PubMed 停止使用1小时,历史记录就会被删除。③PubMed是利用 cookies 来保存检索历史的,要使用此功能,您的浏览器必须设置为accept cookies。

7. 利用剪贴板(Clipboard)检索

方法与利用历史记录检索相同,见图7。注意:①剪贴板最多可加入500条检索。②若PubMed 停止使用1小时,剪贴板记录就会被删除。③PubMed 是利用 cookies 来保存剪贴板记录的,要使用此功能,您的浏览器必须设置为accept cookies。 ④可对剪贴板内的检索项目再检索,如要限制为检索英文文献,可以这样: #0 AND english [la]。这不会影响或替代剪贴板内容。

8. 检索结果的处理 8.1 显示(Displaying)

在检索窗输入检索词后进行检索,PubMed 最初返回是检索结果是文献题录格式,不含摘要,如图7、8。如需查看摘要,点击Display按钮即可。PubMed默认以概要(summary)形式显示检索出的文献。也可以选择其他几种显示形式:大纲(Brief),文摘(Abstract),引文(Citation), MEDLINE and ASN.1。方法:

①显示某篇引文:单击蓝色的有下划线的作者名,显示该篇的摘要等。 ②显示所有引文:先在下拉式菜单里选择显示形式,再点击 Display 按钮。 ③显示所选的引文:先选中作者名前是选择框,在下拉式菜单里选择显示形式,再点击 Display 按钮。 8.2 显示形式

主要有以下几种形式:

①概要(Summary):显示作者名,题目,期刊名,记录状态(Record Status), 非英语文献语种提示,文献类型(综述),\"无文摘\"提示(\"No abstract available\"),PubMed 和 MEDLINE 统一标识码。 ②大纲(Brief):作者名,文献题目的前30个单词,统一标识码。 ③摘要(Abstract):显示期刊名,记录状态(Record Status), 非英语文献

语种提示,文献类型(综述),作者名,作者所属单位,题目,文摘(如果有的话),错误(Erratum),收回(Retraction),注释( Comments), PubMed 和 MEDLINE 统一标识码。 ④引文(Citation):在摘要(Abstract)形式上增加显示MeSH词、作为文献标题的人名(Personal Name as Subject),化学物质、研究项目批号、SI数据库进入号码。

⑤MEDLINE :完全 MEDLINE 记录形式,可以下载检索出的文献到某些检索软件再处理。

⑥ASN.1 :ASN.1 (1号文摘语法符号)是一个通用于各种计算机平台检索的国际标准。

⑦XML/SGML :即扩展标记语言,是由国际互联网联盟(W3C)维护的一种标准,它定义用于信息结构的标记语言的语法规则。其显示形式与HTML相似。 8.3 纯文本形式(Text)

点击Text 按钮,可以显示纯文本形式。要回到PubMed显示形式,按浏览器的Backup按钮就可。

8.4 每页显示文献数(Show)

PubMed 默认每页显示20篇文献,点击Show按钮,可以改变每页显示数。 8.5 保存(Saving)

可以保存检索出的全部文献或所选的部分文献。注意:

①在当前页点击保存按钮,可以保存检索的所有的文献,尽管其他页的文献还没有显示。

②最大保存量是10,000篇。

③默认的保存文件名是 query.fcgi。如果需再在文本编辑器或其他软件编辑和打印,可以改变文件名或保存为存文本格式.txt格式。

④要以超文本标记语言格式 HTML 保存,应使用浏览器的另存为(Save as...)命令。

8.6 链接(Links)

相关的 PubMed 文章链接,点击\" Related Articles\"按钮。

外部链接(LinkOut) - 可以链接相关的出版商、赞助者、图书馆、生物系数据库、 sequence centers, 和其他的网络资源。这能帮助你得到全文、有关资料,如消费者的健康信息。

9. PubMed的其他服务

在PubMed主界面的左侧目录栏里提供了PubMed的其他功能或服务。 9.1 期刊浏览器(Journal Browser)

可以查阅期刊全名、期刊名缩写、ISSN 号,并且可以下载\"全部期刊名称表\"。 也可以使用通配符\"?\"、扩张符\"*\"进行查找。 9.2 MeSH词浏览器

可以输入主题词或关键词进行查找。若输入的检索词不是主题词,PubMed会自动指引到正确的主题词,比如输入\"stroke\"(中风),PubMed会告知stroke不是一个主题词,而是与主题词 \"Cerebrovascular Accident\"相关联的词,并对该主题词作简单解释,建议以该主题词检索。

今年MeSH已有19000多个主题词、82个副主题词,加上词组搭配,已经有30多万个词和词组。下面列出康复医学有关康复治疗的主题词,疾病名称和症状的主题词太多,这里

从略。值得注意的是,我们习惯称短波、超短波、微波疗法为高频电疗,但其主题词并不是\"Electric Stimulation Therapy\",而是\"Diathermy\"(透热疗法)。

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