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核酸电泳相关试剂、缓冲液及配制方法

2021-10-07 来源:好走旅游网
三、核酸电泳相关试剂、缓冲液的配制方法

50×TAE Buffer (pH8.5)

组份浓度 2 M Tris-醋酸,100 mM EDTA 配制量 1 L

配制方法 1.称量下列试剂,置于1 L烧杯中。 Tris 242 g Na2EDTA·2H2O 37.2 g 2.向烧杯中加入约800 ml的去离子水,充分搅拌溶解。 3.加入57.1 ml的乙酸,充分搅拌。

4.加去离子水将溶液定容至l L后,室温保存。 10×TBE Buffer (pH8.3)

组份浓度 890 mM Tris-硼酸,20 mM EDTA 配制量 1 L

配制方法 l.称量下列试剂,置于l L烧杯中。 Tris 108 g Na2EDTA·2H2O 7.44 g 硼酸 55 g 2.向烧杯中加入约800 ml的去离子水,充分搅拌溶解。 3.加去离子水将溶液定容至l L后,室温保存。 10×MOPS(3-吗啉基丙磺酸)Buffer

组份浓度 200 rnM MOPS,20 mM NaOAc,10 mM EDTA 配制量 1 L

41.8 g MOPS,置于1 L烧杯中。

2.加约700 ml DEPC处理水,搅拌溶解。 3.使用2 N NaOH调节pH值至7.0。 4.再向溶液中加入下列试剂。 1 M NaOAc(DEPC处理) 20ml 0.5 M EDTA(pH8.0)(DEPC处理) 20 ml 1 L。

0.45 m滤膜过滤除去杂质。 7.室温避光保存。

注:溶液见光或高温灭菌后会变黄。变黄时也可使用,但变黑时不要使用。

溴乙锭 (10 mg/ml)

组份浓度 10 mg/ml溴乙锭 配制量 100 ml

1 g溴乙锭,加入到100 ml容器中。

2.加入去离子水100 ml,充分搅拌数h完全溶解溴乙锭。 3.将溶液转移至棕色瓶中,室温避光保存。 0.5 g/ml。

注意:溴乙锭是一种致癌物质,必须小心操作。

Agarose凝胶 ×TBE或1×TAE)。

2.根椐制胶量及凝胶浓度,准确称量琼脂糖粉,加入适当的锥形瓶中。

3.加入一定量的电泳缓冲液(总液体量不宜超过锥形瓶的50%容量)。

注:用于电泳的缓冲液和用于制胶的缓冲液必须统一。

4.在锥形瓶的瓶封上保鲜膜,并在膜上扎些小孔,然后在微波炉中

加热熔化琼脂糖。加热过程中,当溶液沸腾后,请戴上防热手套。小心摇动锥形瓶。使琼脂糖充分均匀熔化。此操作重复数次,直至琼脂糖完全熔化。必须注意,在微波炉中加热时间不宜过长,每次当溶液起泡沸腾时停止加热,否那么会引起溶液过热暴沸,造成琼脂糖凝胶浓度不准,也会损坏微波炉。熔化琼脂糖时,必须保证琼脂糖充分完全熔化,否那么,会造成电泳图像模糊不清。

60℃左右,如需要可在此时加入溴乙锭溶液(终浓度0.5 µg/ml)。并充分混匀。 注:溴乙锭是一种致癌物质。使用含有溴乙锭的溶液时,请戴好手套。

6.将琼脂糖溶液倒入制胶模中,然后在适当位置处插上梳子。凝胶

厚度 一般在3~5 min之间。

7.在室温下使胶凝固(大约30 min~1 h),然后放置于电泳槽中进行电泳。

注:凝胶不立即使用时,请用保鲜膜将凝胶包好后在4℃下保存,

一 般可保存2~5天。 琼脂糖凝胶浓度与线形DNA的最佳分辨X围

琼脂糖浓度 0.5% 0.7% 1.0% 1.2% 1.5% 2.0% 最佳线形DNA分辨X围(bp) 1,000~30,000 800~12,000 500~10,000 400~7,000 200~3,000 50~2,000 6×Loading Buffer(DNA电泳用) 组份浓度

30 mM EDTA 36%(V/V) Glycerol 0.05%(W/V) Xylene Cyanol FF 0.05%(W/V) Bromophenol Blue 配制量 500 ml 配制方法 1.称量下列试剂,置于500 ml烧杯中。 EDTA Bromophenol Blue 250 mg Xylene Cyanol FF 250 mg 2.向烧杯中加入约200 ml的去离子水后,加热搅拌充分溶解。 3.加入180 ml的甘油(Glycerol)后,使用2 N NaOH调节pH值至7.0。 4.用去离子水定容至500 ml后,室温保存。 10 × Loadlng Buffer(RNA电泳用) 组份浓度

10 mM EDTA 50%(V/V) Glycerol 0.25%(W/V) Xylene Cyanol FF 0.25%(W/V) Bromophenol Blue 配制置 10 ml 配制方法 1.称量下列试剂,置于10 ml离心管中。 0.5 M EDTA(pH8.0) 200 µl Bromophenol Blue 25 mg Xylene Cyanol FF 25 mg 2.向离心管中加入约4 ml的DEPC处理水后,充分搅拌溶解。 3.加入5 ml的甘油(Glycerol)后,充分混匀。 10 ml后,室温保存。

四、核酸、蛋白质杂交用相关试剂、缓冲液的配制方法

20×SSC

组份浓度 3.0 M NaCl,0.3 MNa3citrate·2H2O(柠檬酸钠) 配制量 1 L

配制方法 1.称量下列试剂,置于l L烧杯中。 NaCl 175.3 g Na3citrate·2H2O 88.2 g 2.向烧杯中加入约800 ml的去离子水,充分搅拌溶解。

3滴加14 N HCl,调节pH值至7.0后,加去离子水将溶液定容至1 L。

4.高温高压灭菌后,室温保存。 20×SSPE Buffer

组份浓度 3.0 M NaCl,0.2 M NaH2PO4,0.02 M EDTA

配制方法 1.称量下列试剂,置于l L烧杯中。 NaCl NaH2PO4·H2O Na2EDTA·2H2O 2.向烧杯中加入约800 ml的去离子水,充分搅拌溶解。 3.加NaOH调节pH值至7.4(约6.5 ml的10 N NaOH)。 4.加去离子水将溶液定容至l L。 5.高温高压灭菌后,室温保存。 50 X Denhardt’S溶液 组份浓度

Ficoll 400(菲可400/水溶性聚蔗糖400) 1%(W/V)

Polyvinylpyrrolidone 1%(W/V)

(聚维酮/聚乙烯吡咯烷酮)

1%(W/V) BSA

配制量 500 ml

配制方法 1.称量下列试剂,置于500 ml烧杯中。

Flcoll 400 5 g

PoLyvlnylpyrrolldone 5 g

BSA 5 g

2.加去离子水约400 ml,充分搅拌溶解 3.加去离子水将溶液定容至500 ml。

4.用0.45µm滤膜过滤后,分装成每份25 ml。 5.-20℃保存。 0.5 M磷酸盐Buffer

组份浓度 0.5 M Na2HPO4。 配制量 l L 134 g Na2HPO4·7H2O置于l L烧杯中。

2.加入约800 ml的去离子水充分搅拌溶解。

3.加入85%的H3PO4(浓磷酸)调节溶液pH值至7.2。 1 L。

5.高温高压灭菌后,室温保存。 Salmon DNA (鲑鱼精DNA) 组份浓度 10 mg/ml Salmon DNA 配制量 约100 ml

配制方法 1.称取鲑鱼精DNA 2 g置于500 ml烧杯中,加入约200 ml的TE Buffer。

2用磁力搅拌器室温搅拌2~4h,溶解后加入4 ml的5 M NaCl,使

其终浓度为0.1 M。

3.用苯酚和苯酚/氯仿各抽提1次。 4.回收水相溶液后,使用17号皮下注射针头快速吸打溶液约20次,

以 切断DNA。

5.加入2倍体积的预冷乙醇进行乙醇沉淀。

6.离心回收DNA后,溶解于100 ml的去离子水中。测定溶液的OD260值。

7.计算溶液的DNA浓度后,稀释DNA溶液至10 mg/ml。 min后,分装成小份(1 ml/份)。-20℃保存。 min后,迅速冰浴冷却。 DNA变性缓冲液

组份浓度 1.5 M NaCl,0.5 M NaOH 配制量 1 L

配制方法 1.称量下列试剂,置于l L烧杯中。 NaCl 87.7 g NaOH 20 g 2.向烧杯中加入约800 ml的去离子水,充分搅拌溶解。 3.加去离子水将溶液定容至l L后,室温保存。 预杂交液/杂交液(DNA杂交用) 组份浓度

6× SSC(或SSPE)

5× Denhardt’s

0.5%(W/V) SDS

100 µg/ml Salmon DNA

配制置 100 ml

配制方法 1.称量下列试剂,置于200 ml烧杯中。

20×SSC(或SSPE) 30 ml

50×Denhardt’s 10 ml

10% SDS 5 ml

10 mg/ml Salmon DNA 1 ml

dH2O 54 ml

2.充分混匀后,使用0.45µm滤膜滤去杂质后使用。

预杂交液/杂交液(RNA杂交用) 组份浓度

6× SSC(或SSPE)

5× Denhardt‘s

0.5%(W/V) SDS

100g/ml Salmon DNA

50%(V/V) Formamlde

配制量 100 mL

配制方法 1.称量下列试剂,置于200 ml烧杯中。

20×SSC(或SSPE) 30 ml

50×Denhardt’s 10% SDS 10 mg/ml Salmon DNA Formamide(甲酰胺) dH2O 10 ml 5 ml 1 ml 50 ml 4 ml 2.充分混匀后,使用0.45µm滤膜滤去杂质后使用。

膜转移缓冲液(Western杂交用)

组份浓度 39 mM Glycine,48 mM Tris,0.037%(W/V)SDS,20%(V/V)甲醇 配制量 1 L

配制方法 1.称量下列试剂,置于l L烧杯中。 Glycine 2.9 g Tris 5.8 g SDS 0.37 g 2.向烧杯中加入约600 ml的去离子水,充分搅拌溶解。

3.加去离子水将溶液定溶至800 ml后,加入200 ml的甲醇。 4.室温保存。 TBST Buffer(Western杂交膜清洗液)

组份浓度 20 mM Tris-HCl,150 mM NaCl,0.05%(V/V)Tween 20 配制量 1 L

配制方法 1.称量下列试剂,置于l L烧杯中。 NaCl 8.8 g 1 M Tris-HCl(pH8.0) 20 ml 2.向烧杯中加入约800 ml的去离子水,充分搅拌溶解。

.5 ml Tween 20后充分混匀。

4.加去离子水将溶液定容至l L后,4℃保存。 封闭缓冲液(Western杂交用)

组份浓度 5%(W/V)脱脂奶粉/TBST Buffer 配制量 100 ml

5 g脱脂奶粉加入到100 mlTBST Buffer中,充分搅拌溶解。 2.4℃保存待用(本封闭液应该现配现用)。

五、实验室常用培养基的配制方法

Ampicillin(氨卡青霉素)(100 mg/ml) 组份浓度 100 mg/ml Ampicillin 配制量 50 ml

5 g Ampicillin置于50 ml离心管中。

2.加入40 ml灭菌水,充分混合溶解后,定容至50 ml。 3.用0.22 µm过滤膜过滤除菌。

4.小份分装(1 ml/份)后,-20℃保存。 IPTG(异丙基-β-D-硫代半乳糖苷)(24 mg/ml) 组份浓度 24 mg/mL IPTG 配制量 50 mL

1.2 g IPTG置于50 ml离心管中。

2.加入40 ml灭菌水,充分混合溶解后,定容至50 ml。 3.用0 22 µm过滤膜过滤除菌。

4小份分装(1 ml,份)后,-20℃保存。 X-Gal (20 mg/ml)

组份浓度 20 mg/ml X-Gal 配制量 50 ml

配制方法 1.称量l g X-Gal置于50 ml离心管中。 2.加入40 ml DMF(二甲基甲酰胺),充分混合溶解后,定容至50 ml。 3.小份分装(1 ml/份)后,-20℃避光保存。 LB培养基

组份浓度 1%(W/V)Tryptone(胰蛋白胨),0.5%(W/V)Yeast Extract(酵母提取

物),1%(W/V)NaCl

配制量 1 L

配制方法 1.称取下列试剂,置于l L烧杯中。 Tryptone 10 g Yeast Extract 5 g NaCl 10 g 2.加入约800 ml的去离子水,充分搅拌溶解。 3.滴加5 N NaOH(约0.2 m1),调节pH值至7.0。 1 L。

5高温高压灭菌后,4。C保存。 LB/Amp培养基 组份浓度

1%(W/V) Tryptone 0.5%(W/V) Yeast Extract 1%(W/V) NaCl 0.1 mg/ml Ampicillin 配制量 1 L 配制方法 1.称取下列试剂,置于l L烧杯中。 Tryptone 10 g Yeast Extract 5 g NaCl 10 g 2.加入约800 ml的去离子水,充分搅拌溶解。 3.滴加5 N NaOH(约0.2 mL)。调节pH值至7.0。

1 L。

5.高温高压灭菌后,冷却至室温。

6.加入1 ml Ampicillin(100 mg/ml)后均匀混合。 7.4℃保存。 TB培养基 组份浓度

1.2%(W/V) Tryptone

2.4%(W/V) Yeast Extract

0.4%(V/V) Glycerol

17mM KH2PO4

72mM K2HPOa

配制方法 1.配制磷酸盐缓;中液(0.17 M KH2PO4,0.72 M K2HPO4)100 ml。 溶解2.31 g KH2PO4和l2.54 g K2HPO4于90 ml的去离子水中,搅

拌溶解 后,加去离子水定容至100 ml,高温高压灭菌。

2.称取下列试剂,置于l L烧杯中。 Tryptone 12 g Yeast Extract 24 g Glycerol 4 m 3.加入约800 ml的去离子水,充分搅拌溶解。 1 L后,高温高压灭菌。 60℃以下时,;加入100 ml的上述灭菌磷酸盐缓冲液。 6.4℃保存。

TB/Amp培养基 组份浓度

1.2%(W/V) Tryptone 2.4%(W/V) Yeast Extract 0.4%(V/V) Glycerol 17 mM KH2PO4 72 mM K2HPO4 0.1 mg/ml Ampicillin 配制量 1 L 配制方法 1.配制磷酸盐缓冲液(0.17 M KH2PO4,0.72 M K2HPO4)100 ml。 溶解2.31 g KH2PO4,和 K2HPO4于90 ml的去离子水中,搅拌溶解

后,加去离子水定容至100 ml,高温高压灭菌。

2.称取下列试剂,置于l L烧杯中。 Tryptone 12 g Yeast Extract 24 g Glycerol 4 ml 3.加入约800 ml的去离子水,充分搅拌溶解。

4.加去离子水将培养基定容至l L后,高温高压灭菌。 60℃以下时, 加入100 ml的上述灭菌磷酸盐缓冲液。

4℃保存。

SOB培养基 组份浓度

2%(W/V) Tryptone 0.5%(W/V) Yeast Extract 0.05%(W/V) NaCl KCl 10 mM MgCl2 配制量 1 L 250 mM KCl溶液。

在90 ml的去离子水中溶解l.86 g KCl后,定容至100 ml。 2 M MgCl2溶液。

在90 ml去离子水中溶解19 g MgCl2后,定容至100 ml,高温高压灭菌。

3.称取下列试剂,置于l L烧杯中。 Tryptone 20 g Yeast Extract 5 g NaCl 0.5 g 4.加入约800 ml的去离子水,充分搅拌溶解。 10 m1 250 mM KCl溶液,加入到烧杯中。

6.滴加5 N NaOH溶液(约0.2 m1),调节pH值至7.0。 7.加入去离子水将培养基定容至l L。 8.高温高压灭菌后,4℃保存。

9.使用前加入5 ml灭菌的2 M MgCl2溶液。

SOC培养基 组份浓度

2%(W/V) Tryptone 0.5%(W/V) Yeast Extract 0.05%(W/V) NaCl 2.5 mM KCl 10 mM MgCl2 Glucose 20 mM 配制量 100 mL 配制方法 1.配制l MGlucose溶液。

将18 gGlucose溶于90 ml去离子水中,充分溶解后定容至100 ml。

用0.22 µm滤膜过滤除菌。

2.向l 00 ml SOB培养基中加入除菌的1 MGlucose溶液2 ml,均匀混合。

3.4℃保存。

2×YT培养基

组份浓度 1.6%(WV)Tryptone,1%(W/V)Yeast Extract,0.5%(W/V)NaCl 配制量 1 L

配制方法 1.称取下列试剂,置于l L烧杯中。

Tryptone 16 g Yeast Extract 10 g NaCl 5 g 2.加入约800 ml的去离子水,充分搅拌溶解。 3.滴加5 N NaOH,调节pH值至7.0。 1 L。

5.高温高压灭菌后,4℃保存。 Фb×broth

组份浓度 2%(W/V)Tryptone,0.5%(W/V)Yeast Extract5%(W/V)MgSO4·7H2O 配制量 1 L

配制方法 1.称取下列试剂,置于l L烧杯中。 Tryptone 20 g Yeast Extract 5 g MgSO4·7H2O 5 g 2.加入约800 ml的去离子水,充分搅拌溶解。 3.滴加1 N KOH。调节pH值至7.5。 1 L。

5.高温高压灭菌后,4℃保存。 NZCYM培养基 组份浓度

0.5%(WV) Yeast Extract 0.1%(WV) Casamino Acid(酪蛋白氨基酸) 1%(WV) NZ胺 0.5%(WV) NaCl 0.2%(WV) MgSO4·7HO 配制量 1 L 配制方法 1.称取下列试剂。置于l L烧杯中。 Yeast Extract 5 g Casamino Acid 1 g NZ胺 10 g NaCl 5 g MgSO4·7HO 2 g o , 2.加入约800 ml的去离子水,充分搅拌溶解。 3.滴加5 N NaOH(约0.2 m1),调节pH值至7.0。 1 L。

5.高温高压灭菌后,4℃保存。 NZYM培养基 组份浓度

0.5%(WV) Yeast Extract 1%(WV) NZ胺 0.1%(WV) NaCl 0.2%(WV) MgSO4·7HO 配制方法 NZYM培养基除不含Casamino Acid外,其他成份与 NZCYM培养

基相同。

NZM培养基 组份浓度

1%(WV) NZ胺 0.1%(WV) NaCl 0.2%(WV) MgSO4·7HO 配制方法 NZM培养基除不含Yeast Extract(酵母提取物)外,其他成份与NZYM

培养基相同。

一般固体培养基的配制

配制方法 1.按照液体培养基配方准备好液体培养基,在高温高压灭菌前,加入

下列 试剂中的一种。 Agar(琼脂;铺制平板用) 15 g/L Agar(琼脂;配制顶层琼脂用) 7 g/L Agarose(琼脂糖;铺制平板用) 15 g/L Agarose(琼脂糖;配制顶层琼脂用) 7 g/L 2.高温高压灭菌后,戴上手套取出培养基,摇动容器使琼脂或琼脂糖充分混匀(此时培养基温度很高,小心烫伤)。

3.待培养基冷却至50~60℃时,加入热不稳定物质(如抗生素等),

摇动容器充分混匀。

4.铺制平板(30~35 ml培养基/90 mm培养皿)。 LB/Amp/X-Gal/LPTG平板培养基 组份浓度

1%(W/V) Tryptone 0.5%(W/V) Yeast Extract 1%(W/V) NaCl 0.1 mg/ml Ampicillin 0.024mg/ml IPTG 0.04 mg/ml X-GaL 1.5%(W/V) Agar 配制量 1 L 配制方法 1.称取下列试剂,置于l L烧杯中。

Tryptone 10 g Yeast Extract 5 g NaCl 10 g 2.加入约800 ml的去离子水,充分搅拌溶解。 3.滴加5 N NaOH(约0.2 mL),调节pH值至7.0。 1 L后,加入15 g Agar。

5.高温高压灭菌后,冷却至60℃左右。

6.加入1 ml Ampicillin(100 mg/ml)、1 ml IPTG(24 mg/ml)、2 ml

X-Gal(20 mg/mL)后均匀混合。

7.铺制平板(30~35 ml培养基/90 mm培养皿)。 8.4℃避光保存。 TB/Amp/X-Gal/LPTG平板培养基 组份浓度

1.2%(W/V) Tryptone 2.4%(W/V) Yeast Extract 0.4%(V/V) Glycerol 17 mM KH2PO4 72 mM K2HPO4 0.1 mg/ml Ampicillin 0.024 mg/ml IPTG X-GaL 1.5%(W/V) Agar 配制量 1 L 配制方法 1.配制磷酸盐缓冲液(0.17 M KH2PO4,0.72 M K2HPO4)100 ml。 溶解2.31 g KH2PO4和 K2HPO4于90 ml的去离子水中,搅拌溶解

后,加去离子水定容至100 ml,高温高压灭菌。

2.称取下列试剂,置于l L烧杯中。 Tryptone 12 g Yeast Extract 24 g Glycerol 4 ml 3.加入约800 ml的去离子水,充分搅拌溶解。 1 L后。加入l 5 g Agar。

5.高温高压灭菌后,冷却至60℃左右。 0 ml的上述灭菌磷酸盐缓冲液、l ml Ampicillin (100mg/ml)、1 ml IPTG(24mg/mL)、

2 ml X-Gal(20 mg/ml)后均匀混合。

7.铺制平板(30~35 ml培养基/90 mm培养皿)。 8 4℃避光保存。

六、抗生素的贮存溶液及其工作浓度

抗生素 氨苄青霉素 羧苄青霉素 氯霉素 卡那霉素 链霉素 四环素*2 贮存液*1 浓度 保存条件 50 mg/ml(溶于水) -20℃ 50 mg/mL(溶于水) -20℃ 34 mg/mL(溶于乙醇) -20℃ 10 mg/mL(溶于水) -20℃ 10 mg/mL(溶于水) -20℃ 5 mg/mL(溶于乙醇) -20℃ 工作浓度 严紧型质粒 松弛型质粒 20µg/ml 60µg/ml 20µg/ml 60µg/ml 25µg/ml l70µg/mL 10µg/ml 50µg/ml 10µg/ml 50 µg/ml 10µg/ml 50µg/mL *1以水为溶剂的抗生素贮存液应通过0.22µm滤器过滤除菌。以乙醇为溶剂的抗生素溶液无须除菌处理。所有抗生素溶液均应保存于不透光的容器中。

*2镁离子是四环素的拮抗剂,四环素抗性菌的筛选应使用不含镁盐的培养基(如LB培养基)。

七、SDS-PAGE浓缩胶(5%Acrylamide)配方表

各种组份名称 H2O 30%Acrylamide Tris-HCl(pH6.8) 10%SDS 10%过硫酸铵 TEMED. 各种凝胶体积所对应的各种组份的取样量 1 m1 2 m1 3 m1 4 ml 5 ml 6 m1 8 m1 10 mL 0.17 0.33 0.5 0.67 0.83 1.0 1.3 17 0.13 0.25 0.38 0.5 0.63 0 75 1.0 l.25

八、SDS-PAGE分离胶配方表

各种组份名称 6%Gel H2O 30%Acrylamide 1.5 M Tris-HCl(pH8.8) 10%SDS 10%过硫酸铵 TEMED 8%Gel H2O 30%Acrylamide Tris-HCl(pH8 8) 各种凝胶体积所对应的各种组份的取样量 5m1 10m1 15m1 20 ml25m1 30m1 40m1 50 ml 10%SDS 10%过硫酸铵 TEMED 10%GeL H2O 30%Acrylamide 10%SDS 10%过硫酸铵 TEMED 12%GeL H2O 30%Acrylamide 10%SDS 10%过硫酸铵 TEMED 15%Gel H2O 30%Acrylamide Tris-HCl(pH8.8) 10%SDS 10%过硫酸铵 TEMED 0.003 0.006 0.009 0.002 0.004 0.006 0 008 0.01 0 .01 2 1.6 3.3 4.9 6.6 8.2 9.9 13.2 16 5 2.0 4.0 6.0 8.0 10.0 l2.0 1 1.3 2.5 3.8 5.0 6.3 7.5 10.0 l 1.5 M Tris+HCl(pH8.8) 1.5 M Tris-HCl(pH8.8)

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