1、选择力场tleap-s-f$AMBERHOME/dat/leap/cmd/leaprc.ff99
2、导入晶体结构model=loadpdb\"sbp_lin.pdb\"
保存crd和top文件saveamberparmmodelpolyAT_vac.toppolyAT_vac.crd此时注意电荷是否平衡：
如果缺正电荷addionsmodelNa+0负离子就用Cl-选择水箱solvateoctmodelTIP3PBOX8.0
3、保存crd和top文件saveamberparmmodelmodel_wat.topmodel_wat.crd4、退出tleapquit
5、保存新的pdbambpdb-pmodel_wat.top 该步骤的配置文件min1.in如下： ---------------------------------------------------------------------oxytocin:initialminimisationsolvent+ions##说明信息######&cntrl##模拟参数起始 imin=1,##任务是优化，0是分子动力学cut=10##非键相互作用的截断值为10挨 ntb=1,##周期边界条件0不采用；1定容；2定压maxcyc=4000,##优化步数 ntr=1,##优化时需要一些约束原子-ref ncyc=2000,##前2000最陡下降，后面步骤共轭梯度 / Holdtheproteinfixed##约束说明500.0##作用在肽键上的力kcal/molRES19##限制的残基序号同restrain=’:1-9’ENDEND ------------------------------------------------------------------------------任务命令：如果 sander-O-imin1.in-pmodel_wat.top-cmodel_wat.crd-omin1.out-rmin1.rst–refmodel_wat.crd& 7、对蛋白进行优化，min2.in文件将min1.in中的限制原子修改，限制水的位置。 也可以考虑利用restrainmask=’:1-9@CA,N,C’约束蛋白主链上的原子。sander-O-imin2.in-pmodel_wat.top-cmin1.rst-omin2.out-rmin2.rst&8、整体的优化,去掉限制条件 sander-O-imin3.in-pmodel_wat.top-cmin2.rst-omin3.out-rmin3.rst&9、有限制的分子动力学 第一步分子动力学保持蛋白分子位置不变，但是不是完全固定每个原子，同时缓解蛋白分子周围的水分子，是溶剂环境能量优化。在这个步骤中，我们将主要目的是对特定的原子使用作用力使其能量优化。 Eq1.in如下：fixprotein,relaxH2O&cntrl nstlim=25000,dt=0.002,ntx=1,irest=0,ntpr=500,ntwr=500,ntwx=500, tempi=0.0,temp0=300,ntt=3,gamma_ln=1.0,ntb=1,ntp=0,nrespa=1,cut=10,ntc=2,ntf=2,NTR=1,/ fixproteinandHEM10RES1284ENDEND -----------------------------nstlim=#：＃表示计算的步数。dt=0.002：表示步长，单位为ps，0.002表示2fs。ntx=1irest=0默认ntb=1：表示分子动力学过程保持体积固定。 imin=0：表示模拟过程为分子动力学，不是能量最优化。temp0=300：表示最后系统到达并保持的温度，单位为K。tempi=100：系统开始时的温度。ntc=2,ntf=2忽略氢键 gamma_ln=1：表示当ntt＝3时的碰撞频率，单位为ps-1（请参考AMBER手册） ntt=3：温度转变控制，3表示使用兰格氏动力学。 sander-O-ieq1.in-pmodel_wat.top-cmin3.rst-oeq1.out-req1.rst-refmin3.rst-xeq1.mdcrd 11整系统分子动力学模拟:eq2 -------------------------------------------------f2:500psMD&cntrl imin=0,irest=1,ntx=5,ntb=2,pres0=1.0,ntp=1,taup=2.0,ntc=2,ntf=2,cut=10,ntr=0,ntt=3,gamma_ln=1.0,tempi=300.0,temp0=300.0nstlim=500000,dt=0.002,ntpr=500,ntwr=500,ntwx=500/ ----------------------------------------------------------ntb=2：表示分子动力学过程的压力常数。Pres0＝1：引用1个单位的压强。ps。 ntp＝1：表示系统动力学过程各向同性。taup=2.0：压力缓解时间，单位为 使用以下命令进行MD： sander-O-ieq2.in-pmodel_wat.top-ceq1.rst-oeq2.out-req2.rst-xeq2.mdcrd-refeq1.rst& 结果处理： 在动力学过程中，将会产生.rst和.mdrcd文件（需要的），由于crd文件很多，可以将其压缩成.gz文件：gzipfilename，将产生一个filename.gz文件 做出已跑动力学的rmd图，判断是否平衡：ptrajxxx.top rmsfirstmassoutxin.rms.dat1:1-284@CA,C,Ntime0.1 #产生一个xin.rms.dat1的文件，整体1-284骨架上的C与N原子rmsfirstmassoutxin.rms.dat2:88-91,172,201-204,230@CA,C,Ntime0.1#产生一个xin.rms.dat2的文件，保守残基骨架上的C与N原子----------------------------------------------------------------------------利用xmgrace作图： xmgracexin.rms.dat1xin.rms.dat2如果需要取随即的点的构型：ptrajxxx.top strip:WAT#冒号前有空格，后没有，注意wat与top的水的大小写一致strip:Na+ trajouteq7.pdbpdbnobox产生一个eq7.pdb.117的文件-------------------------------------------trajAR.top< >center:1-250>imagecenterfamiliar >rmsfirstmassoutrms.dat:1-250>averageaverage.rstrestrt>averageaverage.pdbpdb>EOF 对于有些小分子利用sybyl构建的一般缺少原子参数，首先将小分子单独存成mol2，用amber的antechamber做出参数。 1、利用gaussian *antechamber-i49.mol2-fimol2-o49.in-fogzmat 这样可以生成49.in文件，下载到windows环境，运行gaussian计算这个文件，如果发现计算时间过长或者内存不足计算中断，可以修改文件选择小一些的基组。 youhaveGassianoutputfile.out(don’tforgettoputsomekeywordintheGassianinputforthespecialformatusedbyamber) *-antechamber–ifile.out–figout–ofilr.prep–foprepi–cresp(thissteppreparethe“file.prep”foryourdrug-cbccallright) *-parmchk–ifile.prep–fprepi–ofile.frcmod)thissteppreparethefile“file.frcmod”forthedrug) 2、直接用mol2转 也可以直接把sybyl的mol2做参数 *-antechamber–ifile.mol2–fimol2–ofilr.prep–foprepi–cresp/-cbcc*-parmchk–ifile.prep–fprepi–ofile.frcmod nowyouhave2files:file.prepandfile.frcmodforthedrug. 注意修改file.prep中文件名。要与pdb中的配体一致。（viprep。假设是abc） 对应pdb与prep文件中的原子名称,，原子顺序要一致。prep在xleap中打开 usingtleapfortheproteinordrugor/andcomplex-xleap–s–fleaprc.ff99 -mod=loadamberparamsfile.frcmod-loadamberprepfile.prepeditabc pdb可以用sybyl打开。用vi修改pdb-sourceleaprc.gaff-RL=loadpdbfile.pdb-SolvateoctRLTIP3PBOX10 -AddionsRLCl-0(0:zeroforneutralcharge,Cl-canbereplacedbyNa+)-SaveamberparmRLfileWT.topfileWT.crd(savetopologyandcoord.Withwater)NAMD NAMD是一款并行的轻量级软件，并行当然是指可以多线程多CPU运行，轻量级是指整 个可执行程序才3mb（压缩）“小“，起初因为我的机子是单CPU所以选择了gromacs, 现在由于计算需要（smd），又开始用NAMD,这时我才发现他不光是free的，而且具有诸多优点：1，容易上手. 对于一个新手来说安装不上，是非常恼人的，而NAMD在windows和linux平台下都有现 成的可执行程序，下下来直接用就行了！当然如果你想自己编译也可以，注册一下就可以 得到源码。另一点很重要，就是有丰富的资料和example，以前用别的MD最让人烦恼的就 是，光看说明书就是弄不出来，而NAMD针对每一种方法都有详细的example,包你能跑出个结果。 2，灵活 NAMD提供可编程的TCL，大家不要小瞧了这个功能，许多MD的方法都是概念性的，软 件开发的人不可能很快就跟上潮流，于是社群里的牛人们就利用TCL将各种新的算法弄出 来了！我用的SMD方法虽说很成熟了，但涉及到哪些基团固定在一起牵引，选者距离参数 ，等等都靠自己编写代码完成。3，快 我一个41639个原子的体系，16ps,10个样，不到一天跑完。4，补充 也可以用来做QM/MM计算，目前有人用NAMD+Gamess-usNAMD网址：http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/以上资料均由KLAGBioinformaticsLab提供，转载请注明出处。相关主题：建议开设计算化学的板块 http://emuch.net/bbs/viewthread.php?tid=540215&fpage=1相关主题：蛋白质结构编辑工具 http://emuch.net/bbs/viewthread.php?tid=542444&fpage=1相关主题：拼接两个蛋白质 http://emuch.net/bbs/viewthread.php?tid=542632&fpage=1相关主题：分子动力学方法研究蛋白质与配体相互作用http://emuch.net/bbs/viewthread.php?tid=542240GROMACS GROMACS是一款开放源码的分子动力学模拟程序，其fieldfiles支持amber格式， 大家都知道现在MD程序中用到的top,parm文件基本上都产自charmm和amber程序。 說支持但用起来需要手工修改，不能用源文件，比较麻烦。如果你用过GROMACS， 那么印象最深的应该是他满屏幕的显示，还有繁琐的工序pdb2gmx-->editconf-->genbox--->genion--->mdrun每跑一个样本下来，相当于编了几十行的程序。还有一点就是如果你的体系中有盐离子浓度规定的话，在genion这一步你需要修改.top 文件，我的天，真的很麻烦。不过幸好我最后把perl研究了一下，写了个脚本，让这 一切统统一步搞定。所需要做得就是在运行脚本前设置好相应的参数，比如离子浓度。 当然这个软件最大的特点就是有强大的fans社群，你有问题基本上都能从哪儿找 到答案！ 从源码编译gromacs也比较简单，gromacs驱动QM接口模块可以支持与mopac7,gamess-uk, gaussian的QM/MM计算。 更多详情请参看：http://www.gromacs.org/ 以上资料均由KLAGBioinformaticsLab提供，转载请注明出处。相关主题：gromacs上手简介 http://emuch.net/bbs/viewthread.php?tid=424644&fpage=4相关主题：在gromacs中使用Amber力场 http://emuch.net/bbs/viewthread.php?tid=533121&fpage=1AMBER AMBER是一款半商业性的软件，根据有关报道，AMBER是做生物大分子模拟的首选 软件。起初因为需要花钱我就没有选择他，现在迫于需要终于申请到了一个waiver版。 我的计算中需要用到QM/MM功能。而其他的MD软件要么没有（NAMD），要么需要安 装量化软件（GROMACS）。当然AMBER9也有SMD功能。初次运行AMBER感觉还可以。1，安装容易 在linux下从源码安装，步骤简单，按照说明来就行了，编译速度也很快。2，forcefield容易加载 现在流行的forcefield主要有amber和charmm的，在AMBERParameterDatabase 有稀有分子，配体的forcefield,只需下载你所需要的，然后在执行tleap后用loadAmberParams、loadAmberPrep、loadOff 把相应文件导入就行了。需要注意的是PDB文件不要带氢原子，C端的OXT要去掉。 质子化的残基要自己在PDB中修改好。3，有许多例子 amber提供在线的教程AmberTutorials 。同时在test目录下有许多例子，都可以现学现用。4，QM/MM功能 这是很吸引人的功能，目前正在研究中。 更多详情请参看：http://amber.scripps.edu 以上资料均由KLAGBioinformaticsLab提供，转载请注明出处。 AMBER属于简单力场之动力学软件,个人觉得蛮好使用低个人目前几乎都是使用AMBER计算课题 因篇幅问题不能全部显示，请点此查看更多更全内容