《伤寒论》三阴三阳与《内经》三阴三阳存在着先后关系，《内经》三阴三阳在先，《伤寒论》三阴三阳在后。《伤寒论》的学术渊源一直存在两种说法，一是源于《内经》；二是源于《汤液经法》。持源于《内经》者必以《伤寒论》自序为本；持源于《汤液经法》者必因皇甫谧《甲乙经》而成说。然《伤寒论》自序有真伪之辩，《汤液经法》踪迹难寻，谁是谁非，真假难断。
1．《内经》与《伤寒论》三阴三阳之异同
若以十卷本，即398条的节本《伤寒论》来看，《伤寒论》对“三阴三阳”无过多的陈述。倒是《伤寒例》征引了《素问·热论》有关两感的内容，原文虽较《内经》有所出入但大义不韪。
纵观《伤寒论》398条，除每篇中专有名词“太阳病”、“阳明病”、“少阳病”、“太阴病”“少阴病”、“厥阴病”、“伤寒”、“中风”等类似名词在字形上相似以外，《伤寒论》与《内经》相同者甚少。下仅以《素问·热论》所论“三阴三阳”病与《伤寒论》提纲证做一对比以示两者三阴三阳病的异同。
“伤寒一日，巨阳受之，故头项痛腰脊强。” “太阳之为病，脉浮，头项强痛而恶寒。”
“二日阳明受之，阳明主肉，其脉侠鼻络于目，故身热目疼而鼻干，不得卧也。” “阳明之为病，胃家实也。”
“三日少阳受之，少阳主胆，其脉循胁络于耳，故胸胁痛而耳聋。” “少阳之为病，口苦、咽干、目眩也。”
“四日太阴受之，太阴脉布胃中络于嗌，故腹满而嗌干。”
“太阴之为病，腹满而吐，食不下，自利益甚，时腹自痛。若下之，必胸下结硬。” “五日少阴受之，少阴脉贯肾络于肺，系舌本，故口燥舌干而渴。” “少阴之为病，脉微细，但欲寐也。”
“六日厥阴受之，厥阴脉循阴器而络于肝，故烦满而囊缩。”
“厥阴之为病，消渴，气上撞心，心中疼热，饥而不欲食，食则吐蛔，下之利不止。”这样的对比可使人们直观地看出两者的差异。
《素问·热论》有每日传经之说，《伤寒论》则无。并谓“伤寒二三日，阳明少阳证不见者，为不传也。”《素问·热论》有经脉循行之说，《伤寒论》则无。如果将《素问·热论》与《伤寒论》对“太阳”、“太阴”二者视为相同，那么“阳明”、“少阳”、“少阴”则是部分相同，且需要求诸《伤寒论》提纲外的条文，而“厥阴”则基本不同。有关《素问》三阴三阳与《伤寒论》所论不同，清代柯琴看得很清楚，《伤寒论翼·六经正义》“夫热病之六经，专主经脉为病。但有表里之实热，并无表里之虚寒”、“但有可汗可泄之法，并无可温可补之例也。”
我们不能对《素问·热论》与《伤寒论》中“三阴三阳”做出逐一的甄别，因其不是本文的重点。只想告诉大家《素问·热论》与《伤寒论》的最大不同是：《素问·热论》三阴三阳病下无“证”，而《伤寒论》在三阴三阳病的框架下构建了“证”。《伤寒论》将“证”纳入三阴三阳病之下，从而创立了“三阴三阳辨证论治体系”。
《伤寒论》“三阴三阳辨证论治体系”的创立，使得《伤寒论》比《素问·热论》具有以下的优势：其一，直指临床遣药组方。熟悉《伤寒论》的人都知道在三阴三阳病之下是不能论治的，只有到了“证”才能遣药组方。其二，三阴三阳病证网络。“证”的引入，使“病”、“证”之间纵横交叉，构建了三阴三阳病证网络。出现了“二阳并病”、“三阳合病”之专名，以及有合病之实的“三阴合病”。《伤寒论》“三阴三阳辨证论治体系”的创立意在引入多体的问题以阐明复杂的疾病现象，指导人们正确治疗。只要我们换一下角度去观察《伤寒论》就会发现《伤寒论》中许多的条文都涉及多体问题：“太阳病，下之后，脉促胸满者，桂枝去芍药汤主之。”
“下之后，复发汗，昼日烦躁，不得眠，夜而安静，不呕不渴，无表证，脉沉微，身无大热者，干姜附子汤主之。”
“发汗后，身疼痛，脉沉迟者，桂枝加芍药生姜各一两人参三两新加汤主之。”
《伤寒论》中很多条文是在言汗、吐、下、火逆之后的证治，每一条原文的开端首冠以某一误治或几种误治。多年以来人们少有探讨张仲景如此论述的原因，且多随文释义地将汗、吐、下、火逆解释为后见诸证的原因。这一做法虽有一些合理的成分但不乏牵强得有待商榷之处。如：
“发汗后，不可更行桂枝汤。汗出而喘，无大热者，可与麻黄杏仁甘草石膏汤。” “下后，不可更行桂枝汤。若汗出而喘，无大热者，可与麻黄杏子甘草石膏汤。”
这两条方证一致，惟有汗、下之分。如果以线性关系来解释汗、下是“汗出而喘，无大热者”的原因，则明显不妥，因汗、下的概念完全不同，对机体所造成的损伤亦不应相同，然而所出现的证却完全相同。所以，汗、下与“汗出而喘，无大热者”是一种非线性因果关系。汗、下法的实施改变了疾病原有的发展趋势，引起了新的混沌状态。张仲景言汗、吐、下、火逆的本意我们难以考究，但汗、吐、下、火逆引入了多体的问题，引发了混沌状态是肯定的。刘渡舟教授于晚年得出：“一谈到‘变证’，大家都认为来自于汗、吐、下的误治，其实大多数是张仲景巧立名目，借水行舟，为了使‘辨’活泼泼的来往自在。”
2．“三阴三阳系统”是有别于“阴阳系统”的新形式系统
一阴一阳是一个形式系统，它的初始符号即是阴爻与阳爻。我们祖先关于“类”的认识也就是从“阴阳”开始。《周易》由阴爻与阳爻组成的八卦及由之演化出的六十四卦导源于更古老的“数字卦”，它是对数字卦进行抽象与归类的结果。“爻画与数字的根本性区别是爻画有确定的阴、阳属性，而数字出了数量的区别，没有任何属性。因此，由阴、阳爻画为初始符号构成的卦体，便有了象性和象意的特性。”随着阴爻与阳爻的诞生，意味着中国传统文化中占主导地位的阴阳思想形成。也标志着我国以推类为特征的符号系统的诞生。
“三阴三阳系统”是一个有别于“阴阳系统”的新形式系统，无论其是一阴一阳这一形式系统的发展抑或是与一阴一阳这一个形式系统同时出现的系统。人们借助这一形式系统首先建立了“天人合一”的整体观；并以“三阴三阳”这一框架对人体结构、生理功能、病理变化、致病因素、疾病种类等进行了新的划分或阐述。
其一，阴阳量化更趋细致。将一阴分为三阴，将一阳分为三阳有一种量化的趋向。《素问·至
真要大论》所云：“阴阳之三也，何谓？曰：气有多少，异用也。”
其二，阐述人体生理功能。《素问·阴阳离合论》“是故三阳之离合也，太阳为开，阳明为阖，少阳为枢。三经者不得相失也。”“是故三阴之离合也，太阴为开，厥阴为阖，少阴为枢。三经者不得相失也。”
其三，构建脏腑经络系统。以三阴三阳对经络进行命名，并建立脏腑与经络间的联系，从而构建脏腑经络系统，使人体成为了名副其实的一个有机整体。
其四，阐释疾病发生、发展、治疗、预后。《素问·热论》“伤寒一日，巨阳受之，故头项痛腰脊强。二日阳明受之„„”此论疾病之发生与发展；“三阳经络皆受其病，而未入于藏者，故可汗而已。”此论疾病之治疗；“三阴三阳，五藏六府皆受病，荣卫不行，五藏不通则死矣。”乃论疾病之预后。
其实“三阴三阳”不过是一个形式系统，可以用医学经验或名之为理论的东西去填充它解释它。它像“阴阳”系统一样是对事物的一种分类，是我们藉以工作的一个框架。只不过“三阴三阳”的分类更细致一些，还有“阴阳”系统所不具备的东西。
综上所述，“三阴三阳”解决了“一阴一阳”不能解决的问题。“一阴一阳”只是对事物属性的划分，它不能像“三阴三阳”那样构建出天地人合一之整体观，难以将人体解释为一个有机的整体，阐述复杂的生理病理现象。《伤寒论》引入“三阴三阳”的目的乃在于创建“三阴三阳辨证论治体系”，而“三阴三阳辨证论治体系”的创立，有利于阐释复杂的疾病现象，特别是“证候”的引入更有利于疾病的治疗。
因篇幅问题不能全部显示，请点此查看更多更全内容