标签: 分类: 分子模拟 杂谈
寻找过渡态不是一件容易的事(对于我和大多数刚涉及量化的人来说),下面写写过程。 1.首先遇到的问题是,用哪种方法来寻找过渡态?
GAUSSIAN提供的方法是QSTN和TSN方法。两种方法各有优点和缺点。QSTN方法特别QST3方法要求输入反应物,过渡态的猜测结构,产物这三者的结构。特别麻烦。但很管用,一般不会出现不收敛的情况。对于TSN(对应关键词为OPT=TS)方法,只要求输入过渡态的初始结构,但这个初始结构非常的关键,如果结构不好,则很容易出现不收敛的情况。建议如果是刚开始做过度态的话,用QSTN方法是好的选择,等有了“感觉”之后,再用TSN方法。 2. 怎么解决经常出现的错误?
在找过度态的时候,经常碰到的一些问题就是(1)不收敛,(2)有一个错误的本征值(错误信息为:there is a wrong sign eigenvalue in hessian matrix.....),(3)和LINK9999错误导致退出。对于不收敛的情况,可以分为两类,比如提示信息里的CONVERGENCE FAILER 提醒收敛到了10(-5),而此时你设定的SCF循环次数也仅仅是64步,那么完全有希望通过加大SCF循环次数来达到收敛的目的。倘若只收敛到10(-3)或10(-2),此时加大循环次数可能就没用了。结果还是CONVERGE FAILER。 此时可采用SCF=QC,来达到强制收敛的目的 。因为SCF=QC(LINK508)的计算量比默认的L502要大,所以不到万不得以就不用它了。出现第二个错误可以直接用 关键词OPT=NOEIGEN 来实现。LINK9999出错是因为已经走完了默认的步数,但还未完成。系统会自动跳出。出现这种情况大多数就是因为优化步数和SCF步数超过了默认值。可用OPT(MAXCYCLE=100)和SCF(MAXCYCLE=300)来改错。
3.怎么样控制过渡态的优化,使得过渡态不至于收敛到其他的分子结构中去?
用GAUSS VIEW 可以解决这个问题 ,当刚开始运行GAUSSIAN时,用GVIEW去打开输出文件时,可以看到你的过渡态的初始输入结构,当一个循环过后(从上一个LINK502到下一个LINK502),再打开输出文件,就可以清晰地看到优化一步后分子的构型,这样就可以随时监控过度态分子的结构,倘若已经有收敛到其他分子构型的趋势时,就可以把它给KILL了,而不至于需要等全部工作结束后,打开输出文件才知道已经不是想要的过渡态了。 如果收敛到其它的构型上去,可以考虑缩小OPT的步长.iop(1/8=2或3)即可。 4. 还需要加其它的关键词吗?
建议在OPT中加入CALCFC。这样可以加大找到过渡态的几率。 5. 如何控制寻找过渡态的步长?
这个可以用IOP来实现。具体相应的IOP是iop(1/8)=2,此语句说明在找过度态的时候,以2A(A为基本单位长度)为单位来寻找过渡态。
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