法律分析：在公司犯罪后，下属机构可能会面临损失或风险，但法律并没有规定具体的保障措施。下属机构可以从以下三个方面保留自己的合法权益：
1.积极主动配合调查：下属机构要积极配合有关部门的调查，向执法机构提供有关证据和资料，以便有关部门准确查明事实，维护公共利益和社会正义。
2.制定合理规章制度：下属机构要制定合理规章制度，对公司犯罪行为进行明确规定，规范各级人员行为，避免公司犯罪行为对下属机构的影响。
3.寻求法律救济：下属机构可以向法院提起诉讼，要求公司承担赔偿责任，维护自身权益。
法律依据：
1.《刑法》第七十七条规定：“公司、企业、事业单位犯罪，由单位承担刑事责任。”
2.《公司法》第三十一条规定：“公司应当制定章程和规章制度，规定公司经营管理的基本制度和行为规范。”
3.《民法典》第一百五十五条规定：“当事人依法享有提起诉讼、申请仲裁、和解、调解、仲裁、执行等法律救济的权利。”
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