总公司中标以后由分公司与招标人签订合同不符合《招标投标法》的规定。分公司虽然不是独立的法人，但分公司也应当按规定办理工商登记领取营业执照。分公司可以在总公司的授权范围内从事经营活动，可以对外签订合同。
实质上，总公司与分公司之间是代理的法律关系，分公司是总公司的代理人。总公司授权分公司在一定范围内进行经营活动，分公司在总公司授权范围内对外签订的合同有效的。
《招标投标法》第四十六条：招标人和中标人应当自中标通知书发出之日起三十日内，按照招标文件和中标人的投标文件订立书面合同。招标人和中标人不得再行订立背离合同实质性内容的其他协议。招标文件要求中标人提交履约保证金的，中标人应当提交。
可以由总公司和招标人签订合同，然后总公司、分公司和招标人签订三方协议，约定分公司为招标人提供施工服务，分公司直接与招标人结算工程款的，由分公司缴纳增值税并向招标人开具增值税发票，招标人可凭实际提供建筑服务的纳税人即分公司开具的增值税专用发票抵扣进项税额。
一、分公司的特征有哪些？
1、分公司是由总公司依法设立的，分公司的主要业务活动完全由总公司决定，分公司一般是以总公司的名义并根据它的委托来进行业务活动的。
2、分公司没有自己独立的财产，分公司的所有资产全部属于总公司。分公司与总公司在经济是统一核算，其实际占有和使用的财产是总公司财产的一部分，列入总公司的资产负债表中。
3、分公司不是公司，它的设立不须依照公司设立程序，只要在履行简单地登记和营业手续后即可成立。
4、分公司不独立承担民事责任，没有董事会等形式的公司经营决策和业务执行机关，总公司要对分公司的债务负无限责任。
5、分公司没有自己独立的名称和章程，而只能使用与总公司同样的名称和章程。
因篇幅问题不能全部显示，请点此查看更多更全内容