修高铁占农村房屋应在不低于当地拆迁补偿方案的基础上进行赔偿，按照被拆房屋所在地区的商品房平均价格确定其损失，对被拆迁房屋的价值、拆迁房屋造成的搬迁损失一并予以赔偿。
《国有土地上房屋征收与补偿条例》第十七条作出房屋征收决定的市、县级人民政府对被征收人给予的补偿包括：（一）被征收房屋价值的补偿；（二）因征收房屋造成的搬迁、临时安置的补偿；（三）因征收房屋造成的停产停业损失的补偿。市、县级人民政府应当制定补助和奖励办法，对被征收人给予补助和奖励。《国有土地上房屋征收与补偿条例》第二十二条因征收房屋造成搬迁的，房屋征收部门应当向被征收人支付搬迁费；选择房屋产权调换的，产权调换房屋交付前，房屋征收部门应当向被征收人支付临时安置费或者提供周转用房。《国有土地上房屋征收与补偿条例》第二十三条对因征收房屋造成停产停业损失的补偿，根据房屋被征收前的效益、停产停业期限等因素确定。具体办法由省、自治区、直辖市制定。
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