医院是可以办理健康证的。一般是在当地的疾病控制中心(防疫站)办理，乡镇到医院,带上身份证,按规矩是上午空腹体检，主要查传染性病毒乙肝，内科,粪便,还有其它传染疾病:如皮肤病，结核等。体检合格后还要参加卫生知识培训，培训合格后就可以领取健康证。
办理健康证需要带的证件
按照卫生监督机构确定的人员名单到健康体检单位进行预防性健康检查，统一使用卫生部制定的《中华人民共和国预防性健康检查用表》。带身份证和个人免冠一寸彩色照片2张。到时候体检合格以后会发放健康证，健康证上面是贴照片的，所以照片一定要带，身份证也要带，要证实身份。
健康证办理过程
1、带身份证和个人免冠一寸照片二张，到市疾控中心健康体检领取体检表和培训学习卡，填写好姓名、性别等基本情况；
2、体检科采血、大便肛拭化验；
3、外科常规体检；
4、完成全部体检项目，体检表交给采血处；
5、持培训学习卡参加卫生知识培训和考核；
6、体检和培训合格者7个工作日后到办理中心体检科领取健康证。
对从事食品生产经营的人员、生活饮用水的供、管水人员、化妆品生产企业生产人员;旅店、咖啡馆、酒吧、茶座、公共浴室、理发店、美容店、游泳场直接为顾客服务的人员每年体检一次。其他场所的直接为顾客服务的人员每两年体检一次。
法律依据：
《预防性健康检查管理办法》
第十四条 卫生监督机构根据健康检查结果，对预防性健康检查合格者签发健康合格证明。对不合格者提出处置意见并监督执行。原始材料同时交受检单位或规章的存档单位存档。
第十五条 卫生监督机构须按年度将管辖范围内的预防性健康检查情况统一汇总、分析并及时报送当地卫生行政部门和上级卫生监督机构。
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