购货方收取的违约金能抵扣，《国家税务总局关于增值税一般纳税人取得防伪税控系统开具的增值税专用发票进项税额抵扣问题的通知》(国税发[2003]17号)规定：
1、增值税一般纳税人申请抵扣的防伪税控系统开具的增值税专用发票，必须自该专用发票开具之日起90日内到税务机关认证，否则不予抵扣进项税额。
2、增值税一般纳税人认证通过的防伪税控系统开具的增值税专用发票，应在认证通过的当月按照增值税有关规定核算当期进项税额并申报抵扣，否则不予抵扣进项税额。
因此，企业支付购货方采购合同违约金如果取得防伪税控系统开具的增值税专用发票，须自该专用发票开具之日起90日内到税务机关认证，并在认证通过的当月按照增值税有关规定核算当期进项税额并申报抵扣，否则不予抵扣进项税额。
一、收取的违约金也要缴纳增值税吗？
1、增值税应税项目中收取的滞纳金，属于增值税的纳税范围，应当计入销售额计算增值税。2、用于计算增值税的销售额包括纳税人销售货物或者应税劳务向购买方收取的全部价款和价外费用。这里的价外费用包括向购买方收取的违约金、滞纳金等费用。
2、《增值税暂行条例》第六条
销售额为纳税人销售货物或者应税劳务向购买方收取的全部价款和价外费用，但是不包括收取的销项税额。
销售额以人民币计算。纳税人以人民币以外的货币结算销售额的，应当折合成人民币计算。
《增值税暂行条例实施细则》第十二条
条例第六条第一款所称价外费用，包括价外向购买方收取的手续费、补贴、基金、集资费、返还利润、奖励费、违约金、滞纳金、延期付款利息、赔偿金、代收款项、代垫款项、包装费、包装物租金、储备费、优质费、运输装卸费以及其他各种性质的价外收费。
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