公司停薪留职不合法。停薪留职是为了使特定职工有期限离岗停薪并保留职工身份，而由用人单位与该职工依法签订的，约定停薪留职期间双方相互权利和义务的合同。目前国家出台的关于停薪留职的规定的前提是员工个人申请，经企业批准后申请人才会停薪留职。停薪留职需要的手续如下：
1、职工首先应提出书面申请，经企业批准，并签订停薪留职协议书。若做停薪留职申请，未经企业批准就擅自离职，企业要按违反劳动纪律处理；
2、在停薪留职期间，企业停发工资、奖金、各种津贴和补贴，职工停止享受劳保福利等待遇。职工应按月向原单位缴纳待业保险基金、养老保险基金及其他费用；
3、停薪留职期间按期缴纳费用的职工可计算连续工龄，在停薪留职期满前既未办理复工手续，又未办理辞职和调动手续的，企业待职工停薪留职期满后可按自行离职处理，并发给离职证明书。
法律依据：《企业职工带薪年休假实施办法》第四条
年休假天数根据职工累计工作时间确定。职工在同一或者不同用人单位工作期间，以及依照法律、行政法规或者国务院规定视同工作期间，应当计为累计工作时间。
第五条
职工新进用人单位且符合本办法第三条规定的，当年度年休假天数，按照在本单位剩余日历天数折算确定，折算后不足1整天的部分不享受年休假。
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