刑事案件免于起诉也会有案底记录，相关规定如下：
1、免于起诉有案底记录。刑事处罚的记录可以在公安机关、检察院、法院查询到；
2、判处缓刑的，在司法局也可以查询到。人民检察院自行侦查终结的案件，经审查后，应当分别情况作出提起公诉、不起诉、撤销案件的决定。
案底留存的目的具体如下：
1、为了保存案件材料，以备上级核查和备案；
2、为了给案件当事人（包括被处理人和办案人）在对该案进行复核时有案可查；
3、为了确保将来被处理人再次出现违法甚至犯罪时，作为其曾经的经历，作为处理的参考依据。
法律依据：《中华人民共和国刑事诉讼法》第十六条
有下列情形之一的，不追究刑事责任，已经追究的，应当撤销案件，或者不起诉，或者终止审理，或者宣告无罪：
（一）情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的；
（二）犯罪已过追诉时效期限的；
（三）经特赦令免除刑罚的；
（四）依照刑法告诉才处理的犯罪，没有告诉或者撤回告诉的；
（五）犯罪嫌疑人、被告人死亡的；
（六）其他法律规定免予追究刑事责任的。
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