两个小孩的扶养权法院的判决一般是本着有利于孩子的原则处理，夫妻双方协商小孩的抚养权，协商不成的如果小孩是哺乳期的孩子，以跟随母亲为原则，如果是哺乳期后的未成年人且十周岁以上，则要考虑小孩的意见与有利于小孩的成长原则来判决，判决抚养的时候法院会参照孩子性别等各种因素判决。
【本文关联的相关法律依据】
《关于审理离婚案件处理子女抚养问题的若干意见》1、两周岁以下的子女，一般随母方生活，母方有下列情形之一的，可随父方生活：(1)患有久治不愈的传染性疾病或其他严重疾病，子女不宜与其共同生活的;(2)有抚养条件不尽抚养义务，而父方要求子女随其生活的;(3)因其他原因，子女确无法随母方生活的。2、父母双方协议两周岁以下子女随父方生活，并对子女健康成长无不利影响的，可予准许。
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