一、两者的概述不同：
1、农民专业合作社的概述：农民专业合作社是以农村家庭承包经营为基础，通过提供农产品的销售、加工、运输、贮藏以及与农业生产经营有关的技术、信息等服务来实现成员互助目的的组织。
2、农村集体经济组织的概述：农村集体经济组织是除国家以外对土地拥有所有权的唯一的一个组织。
二、两者的性质不同：
1、农民专业合作社的性质：属于农业现代规模经营形式。
2、农村集体经济组织的性质：农村集体经济组织既不同于企业法人，又不同于社会团体，也不同于行政机关，自有其独特的政治性质和法律性质。
三、两者的起源不同：
1、农民专业合作社的起源：合作经济是一个全球性的概念和时间活动。早在19世纪，西方一些国家就开始了合作经济的探索。
2、农村集体经济组织的起源：农村集体经济组织最初由解放后的合作化运动，农户将自己的生产资料（土地、较大型农具、耕畜）交出来形成集体，从而组建成以生产队为单位的集体经济组织。
法律依据：
《中华人民共和国民法典》
第九十九条  农村集体经济组织依法取得法人资格。法律、行政法规对农村集体经济组织有规定的，依照其规定。
第一百条  城镇农村的合作经济组织依法取得法人资格。法律、行政法规对城镇农村的合作经济组织有规定的，依照其规定。第一百零一条  居民委员会、村民委员会具有基层群众性自治组织法人资格，可以从事为履行职能所需要的民事活动。未设立村集体经济组织的，村民委员会可以依法代行村集体经济组织的职能。
第三百三十条 农村集体经济组织实行家庭承包经营为基础、统分结合的双层经营体制
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