法律分析:
公司被员工申请劳动仲裁，有以下影响：公司败诉的，按生效劳动仲裁裁决书或者调解书履行；公司因为侵权败诉的，降低社会声誉；公司未按生效法律文书履行的，劳动者可以申请强制执行；其他。《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第五十一条
当事人对发生法律效力的调解书、裁决书，应当依照规定的期限履行。一方当事人逾期不履行的，另一方当事人可以依照民事诉讼法的有关规定向人民法院申请执行。受理申请的人民法院应当依法执行。
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