申请公司破产后债务应当是由债务人来进行偿还，根企业破产是指债务人因不能偿债或者资不抵债时，由债权人或债务人诉请法院宣告破产并依破产程序偿还债务的一种法律制度。
根据《中华人民共和国企业破产法》第一百一十三条的规定，首先，应当先偿还破产人所欠职工的工资和医疗、伤残补助、抚恤费用，所欠的应当划入职工个人账户的基本养老保险、基本医疗保险费用，以及法律、行政法规规定应当支付给职工的补偿金;其次偿还破产人欠缴社会保险费用和破产人所欠税款;最后再行偿还普通破产债权。如果破产财产不足以清偿同一顺序的清偿要求的，按照比例分配。
综上，企业破产后，应当就破产人全部财产偿还债务，不能全部偿还的，严格遵守法律规定，按照清偿顺序偿还。
法律依据：《中华人民共和国企业破产法》。
一、破产清算能否对抗抵押权
破产清算能对抗抵押权。破产后抵押权仍在普通债权内优先受偿，破产财产不会优先偿还抵押权人。
根据《企业破产法》第一百一十三条，破产财产在优先清偿破产费用和共益债务后，依照下列顺序清偿：
（一）破产人所欠职工的工资和医疗、伤残补助、抚恤费用，所欠的应当划入职工个人账户的基本养老保险、基本医疗保险费用，以及法律、行政法规规定应当支付给职工的补偿金；
（二）破产人欠缴的除前项规定以外的社会保险费用和破产人所欠税款；
（三）普通破产债权。
破产财产不足以清偿同一顺序的清偿要求的，按照比例分配。
破产企业的董事、监事和高级管理人员的工资按照该企业职工的平均工资计算。
二、资不抵债欠款要怎么清偿
公司的欠款应当以其公司的全部注册资本为限承担债务，在公司资不抵债申请破产清算后，应当在破产财产中优先清偿破产费用及共益债务，其余债务按照法律规定清偿。
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