法律分析：公司克扣员工工资处理如下：可向当地劳动监察大队投诉或申请劳动仲裁维权。
1、协商解决。劳动者和用人单位直接就劳动争议进行协商，这不是必要的程序。双方可以协商，也可以不协商，完全是自愿的；
2、申请调解。当事人向劳动争议调解委员会申请调解程序；
3、仲裁处理。当事人将纠纷提交劳动争议仲裁委员会办理的程序。想提起诉讼，必须办理仲裁手续，不得直接向人民法院起诉；
4、诉讼解决。也就是我们通常所说的诉讼。
法律依据：《中华人民共和国劳动法》
第五十条 工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
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