违反公司规定扣除全部工资不合法。劳动者违反公司规定给用人单位造成经济损失的，可从劳动者本人的工资中扣除来弥补经济损失。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。劳动者在用人单位扣除工资过多时可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。
克扣工资是指用人单位无正当理由扣减劳动者应得工资。不包括减发工资的情况，如国家的法律、法规中有明确规定的；依法签订的劳动合同中有明确规定的；用人单位依法制定并经职代会批准的厂规、厂纪中有明确规定的；企业工资总额与经济效益相联系，经济效益下浮时，工资必须下浮的，但支付给劳动者工资不得低于当地最低工资标准；因劳动者请事假等相应减发工资等。
法律依据：
《中华人民共和国劳动法》
第五十条工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
第九十一条用人单位有下列侵害劳动者合法权益情形之一的，由劳动行政部门责令支付劳动者的工资报酬、经济补偿，并可以责令支付赔偿金：
（一）克扣或者无故拖欠劳动者工资的；
（二）拒不支付劳动者延长工作时间工资报酬的；
（三）低于当地最低工资标准支付劳动者工资的；
（四）解除劳动合同后，未依照本法规定给予劳动者经济补偿的。
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