法律分析：
两者的区别有：
1、设立协议和公司章程的效力期间不同，设立协议生效于公司成立前，公司章程生效于公司成立后；
2、设立协议不是公司设立的必要法律文件；而公司章程是公司设立必备的法律文件，任何公司登记成立都必须提交公司章程；
3、设立协议是不要式法律文件；公司章程是要式法律文件。
法律依据：
《中华人民共和国公司法》 第十一条 设立公司必须依法制定公司章程。公司章程对公司、股东、董事、监事、高级管理人员具有约束力。
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