1、没有产权证和土地证
房屋产权证书对于房子而言是非常重要的一个证件，而小产权房又是没有产权证书的房子，这一点就是最根本的问题。很多购房者选择购买小产权房主要是因为小产权房的价格比较便宜，但是大家都知道，小产权房只有居住权，没有所有权。因为小产权房是没有国家颁发的房产证和土地证的，即便有也是村委会或乡政府颁发的，法律不予认可。
2、无法办理贷款
小产权房子由于没有产权证书，在办理很多手续的时候都会受到阻碍，而现在全款买房子对于购房者来说太难了，因为小产权房没有房产证，也没有参与备案，因此购买时购房者不能贷款购买，只能一次性或分期付款。同时未来也不能拿房子去银行做抵押，这在无形中加大了购房人的资金压力，增加购房风险。
3、再交易难
如果购买二手房的人越来越多了，购房者在购买二手房的时候有可能会遇到小产权房，如果购买了小产权房的购房者想要再次出售房屋的话，是比较困难的，主要是因为小产权房没有不动产权证而无法完成产权过户，这房产不能过户的情况下，小产权房屋购买人完全可以与其他人再次签订房屋买卖协议，这样就会变成一房多卖的局面，第三人的利益将得不到保证。
4、房屋质量得不到保障
小产权房不是经过批准才修建的房子，由于没有经过正规手续办理修建的楼盘，所以小产权房没有国家颁发的房产证，因此也不在政府机构的监管范围内，购房者在房屋使用过程中，如果遇到房屋质量问题以及附属配套设施问题时，得不到有效的保障。
【本文关联的相关法律依据】
《土地管理法》第十一条
农民集体所有的土地依法属于村农民集体所有的，由村集体经济组织或者村民委员会经营、管理；已经分别属于村内两个以上农村集体经济组织的农民集体所有的，由村内各该农村集体经济组织或者村民小组经营、管理；已经属于乡农民集体所有的，由乡农村集体经济组织经营、管理。
《城市房地产管理法》第六十条
国家实行土地使用权和房屋所有权登记发证制度。
《民法典》第二百一十五条
当事人之间订立有关设立、变更、转让和消灭不动产物权的合同，除法律另有规定或者当事人另有约定外，自合同成立时生效；未办理物权登记的，不影响合同效力。
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