法律分析：认罪认罚制度只是对公司罪行的一种处罚方式，并不能保护公司员工的权益。而员工的权益保护，应该依据《劳动法》及其他相关法律进行维护。
法律依据：
1.《中华人民共和国刑法》第七十一条，对单位犯罪可以依法追究刑事责任；
2.《中华人民共和国企业破产法》第七十四条，将员工的劳动报酬、社会保险费、福利待遇等列为破产财产优先清偿的对象；
3.《中华人民共和国劳动法》第十三条和第三十九条，对员工的工作条件、工资、保险等权益进行规定和保护；
4.《中华人民共和国侵权责任法》第四十六条，规定因单位的侵权行为造成损害的，受害人可以向单位主张赔偿；
5.《中华人民共和国公司法》第三十三条和第六十七条，对公司的股东、董事、高级管理人员等作出法律责任规定。
总之，公司犯罪认罪认罚不能代替对员工权益的保护。作为一家企业，应该合法经营，遵守法律法规，切实保护员工的合法权益。
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