小区水质不好投诉的部门有：
1、自来水的水质有问题，那么水质的问题应该向自来水公司投诉。可以打本地自来水公司的供水热线电话，或打电话找自来水公司的水质管理部门；
2、水质问题严重涉及到污染、严重异味等，那么也要向当地的卫生防疫部门投诉问题。因为卫生防疫站对自来水的生产进行政府方面的监控和检测，防止污染的扩散；
3、也可以找物业进行投诉。
法律依据：《中华人民共和国水污染防治法》第十二条
国务院环境保护主管部门制定国家水环境质量标准。
省、自治区、直辖市人民政府可以对国家水环境质量标准中未作规定的项目，制定地方标准，并报国务院环境保护主管部门备案。
小区水质太差如何维权
1、与开发商协商，要求开发商对供水设备进行修理、定期清洗供水设施，使供水质量达到合格的标准。因此，供水设备构成合同标物的一部分，开发商所交付的标物有质量瑕疵，业主有权要求开发商对设备进行修理、清洗；
2、如与开发商协商达不到目的，业主可通过诉讼程序来解决此事。在诉讼中，关键是证据。业主们可对当时供水设备、设施的情况进行拍照，还可请公证部门到现场进行证据保全。该证据加之鉴定部门的鉴定结论，则在诉讼中就有较大的胜诉机率。
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