（一）使用范围不同
1、公章适用范围广泛，涵盖合同章
2、合同章只能在合同上有用，不能办其他事
（二）执章人不同
1、一般公章由公司的法定代表人执掌，法定代表人如果把法定代表人章与公章一同使用就代表公司行为
2、合同专用章可由法人执掌，也可由专门的合同人员负责保管
（三）管理部门不同
1、公司合同专用章的管理部门一般为法律部门，公司公章的管理部门一般为公司的综合管理部门
2、公章在所有印章中具有最高的效力，是法人权利的象征，在现行的立法和司法实践中，审查是否盖有法人公章成为判断民事活动是否成立和生效的重要标准
(四)权力和确认力不同
1、公章在所有印章中具有最高的效力，是法人权利的象征。凡是以公司名义发出的信函、公文、合同、介绍信、证明或其他公司材料均可使用公章
2、合同章是单位对外签订合同时使用，可以在签约的范围内代表单位，单位需承受由此导致的权利义务，公章可以代替合同专用章使用
(五)刻制不同
1、公安部对办理刻制印章的手续未作统一规定，各地公安机关对刻制印章手续的规定有所不同，根据刻制印章的种类不同，手续也不一样。
2、合同专用章由公司名称:xxxx有限公司合同专用章几个字组成，合同专用章专门用于签订经济合同，合同专用章有圆形和椭圆形两种。
一、合作合同是原合同章还是公司章
合作协议可以用合同章也可以用公章。合同上盖公章或合同章没有区别，一般优先使用合同章，都是有法律效力的。对于盖合同专用章和公章没有做出明确的限定。但这不说明使用合同专用章签合同生效，公章签合同不生效。实际上，公司的合同专用章和公司公章，在代表该公司对外签订合同时，均产生法律效力。
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