法律分析：在犯罪调查中，雇员是否可以拒绝配合需要具体分析情况。如果配合调查可能会对自身权益产生影响，如遭受威胁或暴力等，雇员可以拒绝配合。但如果拒绝配合会对犯罪调查造成不利影响，如隐瞒证据等，雇员不得拒绝配合。
法律依据：
1.《刑事诉讼法》第36条：犯罪嫌疑人、被告人有拒绝作证的权利，但法院可以强制作证。
2.《中华人民共和国劳动法》第41条：用人单位及其工作人员不得以暴力、威胁或非法限制人身自由的手段强迫劳动者作证或者作伪证。
3.《中华人民共和国刑法》第309条：明知他人犯罪而不报告、掩藏犯罪证据的，处三年以下有期徒刑、拘役或者罚金；情节严重的，处三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。
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