员工未经批准擅自离职怎么处理

按除名处理。
因为未经批准，擅自离职的，或停薪留职期满后1个月以内，本人既未要求回原单位工作，又未办理辞职手续的，均属无故旷工行为，况且旷工时间已够除名规定的期限，所以可按除名处理。
员工擅自离职怎么处理
自动离职是自动离职，是职工根据企业和自身情况擅自离职，而强行解除与企业的劳动关系的一种行为。有的职工因辞职未准或要求解除合同未被同意，便擅自离职或违约出走;有的职工未说明原因不辞而别;也有的受优厚待遇诱惑而擅自“跳槽”等均属自动离职范围。
《全民所有制单位技术工人合理流动暂行规定》第十三条?辞职应按规定程序办理手续，不得擅自离职。对擅自离职人员，要进行批评教育，并分别不同情况妥善处理。符合本规定第五条、第七条可以辞职或经批准允许辞职的，要补办辞职手续。其余的要动员返回。对拒不返回和拒不补办手续的，按自动离职处理，以后被其他单位录用，工龄从重新录用之日起计算。
什么情况下自动离职有补偿
以下几种情况下自动离职有补偿：
以暴力、威胁或者非法限制人身自由的手段强迫劳动;未按照劳动合同约定支付劳动报酬或者提供劳动条件;克扣或者无故拖欠劳动者工资;拒不支付劳动者延长工作时间工资报酬;低于当地最低工资标准支付劳动者工资。
劳动部门指出，遇到上述5种情况，职工提出解除劳动合同，单位又拒付劳动报酬和补偿金，职工可以在规定的时效内申请劳动仲裁，直至向法院起诉，以维护自己的合法权益。
这样的行为很显然是违反了单位相关制度规定的，此时单位可以依法作出相应的处理。但需要注意，单位作出的处理必须要在法律规定的范围内才行，否则的话单位的行为也就有可能会构成违法。
法律依据：
《中华人民共和国劳动合同法》三十九条：劳动者有下列情形之一的，用人单位可以解除劳动合同:
（一）在试用期间被证明不符合录用条件的；
（二）严重违反用人单位的规章制度的；
（三）严重失职，营私舞弊，给用人单位造成重大损害的；
（四）劳动者同时与其他用人单位建立劳动关系，对完成本单位的工作任务造成严重影响，或者经用人单位提出，拒不改正的；
（五）因本法第二十六条第一款第一项规定的情形致使劳动合同无效的；
（六）被依法追究刑事责任的。