本文主要讨论了股权转让纠纷中公司作为被告的问题以及股权转让涉及的税费和费用。在股权转让纠纷中，应由公司住所地法院管辖，但也可能根据双方约定或其他情况确定管辖法院。股权转让过程中，转让方需要交纳个人所得税、企业所得税和印花税等税费。此外，股权转让还涉及工商登记费、资产评估费、验资费用等费用。
法律分析
一、股权转让纠纷是否列公司为被告
就股东转让纠纷，应由公司住所地法院管辖的理由，可能分为两种：
其一，认为股权转让纠纷适用民事诉讼法26条及相关解释规定的情形，应由公司住所地法管辖；其二，认为股权转让履行地为公司住所地。
民事诉讼法：第26条因公司设立、确认股东资格、分配利润、解散等纠纷提起的诉讼，由公司住所地人民法院管辖。
民诉解释：第22条因股东名册记载、请求变更公司登记、股东知情权、公司决议、公司合并、公司分立、公司减资、公司增资等纠纷提起的诉讼，依照民事诉讼法第26条规定确定管辖。
在股权转让纠纷中，如果双方当事人对管辖法院有明确约定，且该约定不违反级别管辖或专属管辖的规定,则以双方约定的管辖法院作为争议解决地；如果双方对于管辖法院没有约定或约定不明,则由被告住所地或合同履行地人民法院管辖。
二、股权的转让税费是多少
股权转让过程中，转让方需要交纳各种税费。
在股权转让过程中，税务变更时需要请税务局开一张完税证明，包括：个人所得税、企业所得税、印花税。其中个人所得税的税负较重。
如果转让方是个人，要交纳个人所得税，按照20%缴纳。
注：股权受让人（新股东）在向转让人（原自然人股东）支付股权转让款项时有代扣代缴个人所得税的义务。
三、股权转让的费用
股权转让转让方包括个人和企业，不同主体涉及的费用有所不同。一般股权转让费用包括股权转让时发生的工商登记费、资产评估费、验资费用、印花税、所得税（个人转让股权要征个人所得税，企业转让股权征企业所得税）等费用。
相关法律法规：《中华人民共和国个人所得税法实施条例》第九条对股票转让所得征收个人所得税的办法，由财政部另行制定，报国务院批准施行。
《个人所得税法》第三条个人所得税的税率：
1、工资、薪金所得，适用超额累进税率，税率为百分之三至百分之四十五（税率表附后）。
2、个体工商户的生产、经营所得和对企事业单位的承包经营、承租经营所得，适用百分之五至百分之三十五的超额累进税率（税率表附后）。
3、稿酬所得，适用比例税率，税率为百分之二十，并按应纳税额减征百分之三十。
4、劳务报酬所得，适用比例税率，税率为百分之二十。对劳务报酬所得一次收入畸高的，可以实行加成征收，具体办法由国务院规定。
5、特许权使用费所得，利息、股息、红利所得，财产租赁所得，财产转让所得，偶然所得和其他所得，适用比例税率，税率为百分之二十。
结语
在股权转让纠纷中，是否将公司列为被告需要根据具体情况判断。根据民事诉讼法第26条及相关解释规定，若纠纷与公司设立、股东资格等有关，应由公司住所地法院管辖。另外，根据双方约定或被告住所地或合同履行地，确定管辖法院。股权转让过程中，转让方需缴纳个人所得税、企业所得税、印花税等税费。股权转让费用包括工商登记费、资产评估费、验资费用、印花税、所得税等。具体税率根据《个人所得税法》实施条例确定。
法律依据
中华人民共和国公司法（2018修正）：第五章 股份有限公司的股份发行和转让 第二节 股 份 转 让 第一百四十二条 公司不得收购本公司股份。但是，有下列情形之一的除外：
（一）减少公司注册资本；
（二）与持有本公司股份的其他公司合并；
（三）将股份用于员工持股计划或者股权激励；
（四）股东因对股东大会作出的公司合并、分立决议持异议，要求公司收购其股份；
（五）将股份用于转换上市公司发行的可转换为股票的公司债券；
（六）上市公司为维护公司价值及股东权益所必需。
公司因前款第（一）项、第（二）项规定的情形收购本公司股份的，应当经股东大会决议；公司因前款第（三）项、第（五）项、第（六）项规定的情形收购本公司股份的，可以依照公司章程的规定或者股东大会的授权，经三分之二以上董事出席的董事会会议决议。
公司依照本条第一款规定收购本公司股份后，属于第（一）项情形的，应当自收购之日起十日内注销；属于第（二）项、第（四）项情形的，应当在六个月内转让或者注销；属于第（三）项、第（五）项、第（六）项情形的，公司合计持有的本公司股份数不得超过本公司已发行股份总额的百分之十，并应当在三年内转让或者注销。
上市公司收购本公司股份的，应当依照《中华人民共和国证券法》的规定履行信息披露义务。上市公司因本条第一款第（三）项、第（五）项、第（六）项规定的情形收购本公司股份的，应当通过公开的集中交易方式进行。
公司不得接受本公司的股票作为质押权的标的。
中华人民共和国公司法（2018修正）：第四章 股份有限公司的设立和组织机构 第一节 设 立 第八十六条 招股说明书应当附有发起人制订的公司章程，并载明下列事项：
（一）发起人认购的股份数；
（二）每股的票面金额和发行价格；
（三）无记名股票的发行总数；
（四）募集资金的用途；
（五）认股人的权利、义务；v （六）本次募股的起止期限及逾期未募足时认股人可以撤回所认股份的说明。
中华人民共和国公司法（2018修正）：第五章 股份有限公司的股份发行和转让 第一节 股 份 发 行 第一百三十四条 公司经国务院证券监督管理机构核准公开发行新股时，必须公告新股招股说明书和财务会计报告，并制作认股书。
本法第八十七条、第八十八条的规定适用于公司公开发行新股。
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