普宁寺是一座典型的汉藏合璧式的寺庙。整座寺庙平面布局严谨，以大雄宝殿为界，分为前后两部分，前半部是汉族寺庙传统的伽蓝七堂式布局(伽蓝，即寺庙。七堂一般是以山门殿，天王殿，大雄宝殿为中轴线，左右对称建有钟楼，鼓楼，东西配殿)。后半部是藏式形式，是仿三摩耶庙的形式修建的曼陀罗，千手千眼观世音菩萨便供奉在主体建筑大乘之阁中。
寺院主要建筑都在中轴线上，附属建筑则对称地分列两边。主体建筑大雄宝殿为双层歇山式，称为“九脊十龙”殿，内供三世佛与十八罗汉像，壁画环绕。前后两座主体建筑均建在1.4米高的石砌须弥台基之上，殿前的月台有雕刻精美的石栏杆环绕，台阶中央辅有石雕艺术精品“云龙石陛”，四角有叫“螭”的龙头。寺庙中有“金龙和玺”与“六字真言和玺”彩画。
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