普宁寺后半部的藏式寺院建筑是模仿桑耶寺风格，通过建筑总体布局和个体造型来反映藏传佛教的世界观，把密宗的曼荼罗等清净佛国理想境界用具体建筑形象表现出来，使整个建筑具有象徵作用。“曼荼罗”的梵语，义为“轮集”，或译作“;轮坛”、“坛城”，是密宗僧侣修行时构筑的法坛，后演变为“圆轮俱足、诸佛集会”的圣坛。普宁寺的后半部就是根据佛经对宇宙的描述设计的。大乘之阁巍然屹立中间，代表须弥山，象徵世界中心，阁之东西则建有日殿和月殿，表示日月环绕宇宙世界运行，阁的四面有四座重层殿宇代表四大部洲:东胜神洲殿象徵风，起着长养万物的作用，形如半月，故建筑月牙形台殿;南瞻部殿象徵火，形为三角，起着促进万物成熟的作用，建成梯形台殿;西牛贺洲殿象徵水，摄受万物，建成椭圆形台殿;北俱卢洲象徵地，保护万物，建成正方形台殿。阁之四隅有四座宝塔，代表佛之“四智”:西北角的白色塔为“大圆境智”，能清楚地反映、认识世界万象;东北角黑色塔为“平等性智”，视世界万物平等无差别;东南角的红色塔为“妙观察智”，表示佛能明察善恶，妙观万法;西南角绿色塔为“成所作智”，表示信佛能成就自利和利他事业。大乘之阁五顶紧密连接，结成一个屋顶组群，四大部洲的台殿和日月殿是把藏式平顶建筑改变比例，作为基座，上建汉式木构建筑，而白台建筑则是藏族形式，这样使汉藏建筑巧妙结合，外形雄伟又具有园林配置，形成汉藏文化相互融合的风格独特的寺庙建筑。
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