自查补缴印花税的，一般不会施以罚款。只要自查补缴印花税，最坏的结果就是收取滞纳金，并不会施以罚款。当你发现公司已经很久没有缴纳印花税了，不要着急，这种情况下，直接致电税管员，告诉他自己是主动补缴印花税的，并与税管员确定金额以及缴纳方式，这样属于比税管员先一步发现漏税，不会被施以罚款。缴纳的方式有两种，一种是按次，一次申报补以前的印花税。一种是合并如当期，在当期申报纳税，这两种申报都不会出现滞纳金或罚款。
一、按次申报是一种申报方式，在这种方式下，纳税人可以在电子税务局自行补缴以前的印花税。
方法：
1.在电子税务局财产和行为税纳税申报入口，先做印花税税源采集
2、做按次税源采集，如果是补2021年6月1日的印花税，选择所属期是2021年的期间即可。
3、点击纳税申报，选择采集的信息进行申报即可。
二、直接把涉税金额加到当期，一并申报。这种方式也很好理解，就是统计漏交的涉税金额，直接在当期申报期申报。这样也不会有罚款或滞纳金。
分录如下：
1.计提
借：以前年度损益调整
贷：应交税费-应交印花税
2.缴纳
借：应交税费-应交印花税
贷：印花存款
以上分录为教条式分录，一般补交的印花税数额不大，直接计入当期损益。
法律依据：
《中华人民共和国税收征收管理法》
第五十二条 因税务机关的责任，致使纳税人、扣缴义务人未缴或者少缴税款的，税务机关在三年内可以要求纳税人、扣缴义务人补缴税款，但是不得加收滞纳金。
因纳税人、扣缴义务人计算错误等失误，未缴或者少缴税款的，税务机关在三年内可以追征税款、滞纳金；有特殊情况的，追征期可以延长到五年。
对偷税、抗税、骗税的，税务机关追征其未缴或者少缴的税款、滞纳金或者所骗取的税款，不受前款规定期限的限制。
第六十三条 纳税人伪造、变造、隐匿、擅自销毁账簿、记账凭证，或者在账簿上多列支出或者不列、少列收入，或者经税务机关通知申报而拒不申报或者进行虚假的纳税申报，不缴或者少缴应纳税款的，是偷税。对纳税人偷税的，由税务机关追缴其不缴或者少缴的税款，依法追究刑事责任。
第八十六条 违反税收法律、行政法规应当给予行政处罚的行为，在五年内未被发现的，不再给予行政处罚。