个人所得税年收入超过12万时，计算应纳税所得额和应纳税额的方式如下：
1、应纳税所得额=年收入额-各项扣除-专项附加扣除-起征点（60000元）。
2、应纳税额=应纳税所得额*税率-速算扣除数。
在计算过程中，需要注意以下几点：
1、年收入额超过12万时，需要按照累计预扣法计算应纳税额。
2、各项扣除包括基本费用、专项扣除、专项附加扣除等。
3、专项附加扣除包括子女教育、继续教育、大病医疗、住房贷款利息、住房租金、赡养老人等支出。
4、税率和速算扣除数根据年收入额的不同区间而有所不同。
个人所得税年收入超过12万的申报和缴纳程序如下：首先，您需要在每年的3月1日至4月30日期间，填写个人所得税申报表，并将其提交给税务机关。申报表中需要包括您的个人信息、收入来源、扣除项目等详细信息。根据您的收入情况和适用税率，计算出应缴纳的个人所得税金额。其次，根据税务机关的要求，您需要按时缴纳个人所得税款项。可以选择通过银行转账、网上缴税等方式进行缴纳。
综上所述：及时保留好相关的申报和缴纳凭证，以备将来需要。个人所得税的申报和缴纳是每年的重要义务，如有疑问，建议咨询专业税务机构或律师。
【法律依据】：
《中华人民共和国个人所得税法》
第一条
在中国境内有住所，或者无住所而一个纳税年度内在中国境内居住累计满一百八十三天的个人，为居民个人。居民个人从中国境内和境外取得的所得，依照本法规定缴纳个人所得税。在中国境内无住所又不居住，或者无住所而一个纳税年度内在中国境内居住累计不满一百八十三天的个人，为非居民个人。非居民个人从中国境内取得的所得，依照本法规定缴纳个人所得税。纳税年度，自公历一月一日起至十二月三十一日止。