医疗事故纠纷鉴定的启动程序，有三种方式，包括：医患双方共同委托鉴定、卫生行政部门组织鉴定和法院指定鉴定。
1、医患双方共同委托鉴定的
如果医患双方在治疗过程中，发生医疗纠纷的，并且协商一致，通过医疗事故鉴定，来确定是否构成医疗事故、构成何种等级的医疗事故、医疗事故赔偿数额的。通过医疗事故鉴定来解决医疗纠纷的，可以由医疗纠纷双方当事人共同委托当地医学会组织医疗事故鉴定。
按照我国《医疗事故处理条例》的规定，医疗事故鉴定的组织，是由医疗纠纷发生地的卫生行政部门主管。卫生行政部门下属的医学会，专门设有医学会，该委员会是负责医疗事故技术鉴定工作的。
如果是医患双方共同委托鉴定的，委托鉴定的提出即可以是在医疗诉讼前的协商过程中；也可以是医疗诉讼的庭审过程中。不过，该程序也有其特殊性，双方共同委托的，要求医疗纠纷双方当事人协商一致，共同委托医疗事故鉴定。在这种情况下，医学会是不接受单方委托的！也就是说如果患者及其家属单独要求做医疗事故鉴定的，当地的医学会是不会受理的。
2、卫生行政部门组织鉴定的
如果当地的卫生行政部门，接到医疗机构关于重大医疗过失行为的报告，或者医疗事故争议当事人，要求处理医疗事故争议的申请后，卫生行政部门认为需要进行医疗事故技术鉴定的，应当交由负责医疗事故技术鉴定工作的医学会组织鉴定。
当地卫生行政部门启动医疗事故鉴定的程序医疗卫生行政主管部门接到下属的医疗机构的报告组织的鉴定；或者是患者及其家属单方面要求卫生行政主管部门组织医疗事故鉴定，并且得到许可的情况下方可以启动。
该程序的启动往往需要医疗机构的报告，卫生部门认为必要；或者患者自己提出请求，卫生部门同意、许可，才可以启动。如果医疗机构没有向卫生主管部门提出报告；卫生主管部门认为没有必要鉴定；或者患者及其家属提出鉴定申请，但是卫生行政主管部门认为没有必要鉴定，或者拒绝鉴定的，则该程序是无法启动的！患者及其家属是可以单方面向卫生行政主管部门提出启动鉴定申请的要求的。
如果是卫生行政部门组织鉴定的，则往往是在医疗诉讼程序前，未进入医疗诉讼程序的情况下。如果纠纷已经进入诉讼程序，往往医学会是拒绝受理的。等待法院的委托或者当事人的协商结果，通过在诉讼中的请求和委托进行医疗事故鉴定。
3、法院要求鉴定的
根据我国诉讼法的相关规定，如果在医疗纠纷诉讼中，医疗机构和患者及其家属都没有提出医疗事故鉴定申请的，而主审法官认为有必要做事故纠纷的，那么法官自己也可以提出医疗事故鉴定的要求，启动医疗事故鉴定程序。
该鉴定程序在设定上是有其特殊性的，与其说是医患双方当事人的一个诉讼权利，不如说是法律给了法官的一项权利。使法官在医疗纠纷诉讼程序中，可以更好的驾驭庭审程序，给法官的裁判提供法律依据。
法院要求医疗事故鉴定的，不需要医疗事故纠纷双方当事人的申请，也不存在当地医学会是否受理的问题，只要庭审法官认为必要的，就可以启动医疗事故鉴定程序。
一、在医疗过失行为责任程度怎么判断
鉴定组应当综合分析医疗过失行为在导致医疗事故损害后果中的作用、患者原有疾病状况等因素，判定医疗过失行为的责任程度。医疗事故中医疗过失行为责任程度分为：
（一）完全责任，指医疗事故损害后果完全由医疗过失行为造成。
（二）主要责任，指医疗事故损害后果主要由医疗过失行为造成，其他因素起次要作用。
（三）次要责任，指医疗事故损害后果主要由其他因素造成，医疗过失行为起次要作用。
（四）轻微责任，指医疗事故损害后果绝大部分由其他因素造成，医疗过失行为起轻微作用。
二、医疗事故鉴定程序主要包括哪些
（一）向家属作好解释工作，医疗纠纷解决途径有三条：1是医患双方自行协商解决。2是向卫生局书面写出医疗事故技术申请书进行医疗事故鉴定。3是直接向法院起诉。
（二）家属申请医疗事故技术鉴定（做好申请书收到时间登记）。
1、家属提供书面申请，并附和病人关系的有效证件。
2、自收到书面申请15日内，卫生局移交郑州市医学会进行医疗事故技术鉴定（郑州市医学会约在55天后出具医疗事故鉴定书）。
3、自接到医疗事故鉴定书15日内，双方如果对鉴定结果有疑问，可提出再次鉴定。
（三）接到医疗事故鉴定书后，根据鉴定结果，双方可以可自行协商赔偿，也可以申请卫生局调解、或者申请由法院判赔。
（四）、任何纠纷解决后，各医疗单位必须在7日内将处理结果以书面形式上报市卫生局（包括纠纷发生经过及处理结果、病例复印件一份）。
另外：如果单方申请尸体解剖，必须向卫生局提交书面申请书并附和死者关系的有效证件，填写尸体解剖申请和尸体解剖知情同意书，卫生局委托具有资质的医疗机构进行解剖（郑州市卫生局规定的是郑州市三院和省人民医院）。双方也可以直接委托进行尸体解剖。