新鲜羊肚菌可以在自然环境中保存，只要把它放在阴凉通风的地方，就能让它保存3-5天不变质，但是保存以前要把有损伤的香菇与完好的羊肚菌分离开，不然会影响羊肚菌的保存时间。
注意1、新鲜羊肚菌买回家后切勿先用水洗，一定要保持完全干燥才能保存得久。
2、烹煮时再进行处理即可，不需要先清洗或剪掉蒂头，才能保持新鲜。
3、鲜羊肚菌很容易被水汽、热气而酸坏，建议可在保存容器中一同放入干燥的厨房纸，吸收多余的水汽。
冷藏保存冰箱冷藏可以保存羊肚菌一周左右的时间，只需将新鲜羊肚菌用个干净的盘子存放，有保鲜盒的放在保鲜盒里会更好，然后保持羊肚菌的干燥，注意不要碰水，盖上保鲜膜，放入冰箱的保鲜层内即可，如果是用保鲜袋密封起来的话，需扎几个小孔透气，再存入冰箱进行冷藏，但为了保证新鲜羊肚菌的口感和新鲜度，还是建议尽快食用完为好。
冷冻保存新鲜羊肚菌想长期保存，必须进行必要的脱水处理，具体保存方法是把羊肚菌放入保鲜袋中，去掉里面的空气，密封起来，放在冰箱冷冻两天，取出以后化开让用纸把它表面的水分吸收，然后重新装入一个新的保鲜袋中，再放入冰箱冷冻保存，就能保存很长时间不变质，大约可以放1-3个月左右，再食用时取出化开就可以。
晒干保存新鲜羊肚菌由于其中的水分含量，长期存放的话十分容易发霉、变质，进而不易贮存，建议将鲜羊肚菌放在太阳底下晒干，等干燥后再放入适量的干木炭或块状石灰等吸湿除潮剂，放在通风干燥处进行保存，发现有发潮的现象可以拿出来再晒晒，可以保存羊肚菌3个月以上。
羊肚菌新鲜的怎么吃营养建议新鲜羊肚菌可以煲鸡汤，蒸排骨等方法食用为好。
因为新鲜的羊肚菌其鲜美味道更为浓郁，烹饪越简单越好，添加调味料越少越好，才能留住羊肚菌特有的鲜味，食用方法以蒸煮流失的营养最少，而且获得的鲜味更突出，如羊肚菌鸡汤的做法如下：
1、将鸡切块并将鸡块焯去备水。
2、另起锅烧开足量的水，加姜丝。将焯好水的鸡块加入汤锅中，放入几粒红枣，大火烧开。
3、撇去浮沫后转小火。烧至半熟，先加入切好的新鲜羊肚菌，小火40分钟，最后加适当的盐，就可以出锅了。