缙云山的土壤以三迭纪须家河组厚层石英砂岩、炭质页岩和泥质砂岩为母质风化而成的酸性黄壤及水稻土。山麓地区为侏罗纪由紫色砂页岩夹层上发育的中性或微石灰性的黄壤化紫色土。
缙云山土壤分为黄壤和水稻土两大类，并有少量零星分布的紫色土。黄壤大类又分为黄壤和黄泥土两亚类，二者各有一属，即冷砂黄壤土属和冷砂黄泥土属，其中冷砂黄壤土属有6个土种，冷砂黄泥土属有4个土种。水稻土大类只有1个亚类，1个土属，3个土种。\
其中重庆缙云山国家级自然保护区总面积7600公顷，核心区1235公顷，缓冲区1505公顷，实验区4860公顷。
缙云山森林覆盖率达96.6%。保护区内有大面积的常绿阔叶林，有多种具代表性的生态系统，从一定程度上反映出了中亚热带森林生态系统的天然本底，是一个典型的亚热带常绿阔叶林的生态综合体物种基因库。缙云山物种多样性丰富，有长江流域保存较好的典型的亚热带常绿阔叶林景观和相对稳定的生态系统，保存了许多古老的分类上孤立的形态特殊的植物。
保护区具亚热带季风湿润性气候特征，年平均气温13.6℃，最热月(八月)平均气温24.3℃，最冷月(一月)平均气温3.1℃，极端最高温36.2℃，极端最低温-4.6℃，>10℃年积温为4272.4℃;相对湿度年平均87%，水汽压年平均14.9毫巴;年平均降水量1611.8毫米，最高年降水量1783.8毫米，冬半年(十至三月)降水量368.0毫米，占全年的22.8%，夏半年(四至九月)降水量1243.8毫米，占全年的77.2%;年平均蒸发量777.1毫米，月平均蒸发量64.7毫米，七、八两月蒸发量共255.4毫米，占全年的32.8%;雾日数年平均89.8天，年平均日照时数低于1293小时。缙云山林内最高月平均气温(八月)24.5℃，最低月平均气温(二月)3.7℃，月均温年较差20.8℃;林外空旷地最高月均气温25.8℃，最低月平均气温3.3℃，月均温年较差22.5℃，比林内年较差高1.7℃，最热月均温林外比林内高1.3℃，最冷月均温林外比林内低0.4℃。