《合同法》对民间借款合同的规范采取意思自治的原则，所以在实践中会出现借款合同的效力瑕疵，即由于当事人在合同中约定条款的违法性，而导致借款合同的部分条款无效或全部无效。
（1）借款合同违法《合同法》关于利率的有关规定。《合同法》第二百一十一条规定：“自然人之间的借款合同约定支付利息的，借款的利率不得违反国家有关限制借款利率的规定。”《关于人民法院审理借贷案件的若干意见》明确民间借贷的`利率，最高不得超过银行同类贷款利率的四倍。
（2）根据《关于人民法院审理借贷案件的若干意见》第七条规定：“出借人不得将利息计入本金谋取高利。审理中发现债权人将利息计入本金计算复利的，其利率超出第六条规定的限度时，超出部分的利息不予保护。”
（3）非银行、非金融机构的法人或者其他组织作贷款人的民间借款合同是无效合同。
（4）在民间借贷中，贷款人明知借款人是为了进行非法活动而借款的，其借款合同无效，不受合同法的保护。而根据合同法的规定，一方以欺诈、胁迫等手段或者乘人之危，使对方在违背真实意思的情况下订立的合同，受损害方有权请求人民法院或仲裁机构变更或撤销合同。
（5）根据司法解释的规定，企业之间相互借贷的贷款人或者名为联营、实为借贷的出资方尚未取得约定利息的，人民法院在审理中，应当确认双方的借款合同关系或者联营合同关系无效，对双方约定的利息还要依法收缴。