卢永根祖籍广州花都，1930年出生于香港一个中产家庭。1941年，就在卢永根读小学六年级的时候，香港沦陷，卢永根被父亲送回乡下避难。在乡下时，卢永根亲眼目睹日军凶残，也体会到战争对人民生活的影响，他的民族意识也开始觉醒。在乡下待了将近两年之后，卢永根返回香港读中学。此时，卢永根碰到了思想进步的老师，受其影响和教育，他在全国解放前夕加入了香港的中共地下党。当时，卢永根年仅19岁。
卢永根很快服从党组织的.安排，回到内地，到私立岭南大学读书和从事革命工作，迎接广州解放。年轻时的学习和革命经历，让卢永根不断成长为一名坚定的马克思主义者。
正是在广州，卢永根初为人父。1959年，中山医学院附属第一医院产房，卢永根的女儿出生了。夫妇俩共同商议后，决定给襁褓中的女儿取名“红丁”，以纪念恩师丁颖。
丁颖比卢永根年长40多岁，但丁颖与卢永根的“忘年交”一直是学界佳话:丁颖是卢永根的恩师，是他学术上的领路人;在卢永根的鼓励和支持下，1956年丁颖以68岁高龄加入共产党，这在当时广州地区高级知识分子中引起了极大反响。
卢永根学生、华农农学院教授刘向东回忆，1952年全国院系调整，岭南大学与中山大学两校农学院合并为华南农学院(今华农前身)，丁颖任院长，卢永根是首届学生。学术上，卢永根也紧跟丁颖的步伐，传承学术思想:他继承了丁颖生前收集的7000多份野生稻种，后来逐渐扩充到一万多份水稻种质资源，成为我国水稻种质资源收集、保护、研究和利用的重要宝库之一。
1963年8月，卢永根(左四)随丁颖(左三)在宁夏引黄灌区考察水稻。
“这些特殊经历，使卢老坚定信念、坚定信仰，保持了共产党员的良好习惯。”华农农学院副院长孔琴说，在卢老的要求下，作物遗传育种系党支部有一个严格规定，所有党员每月按时缴交现金党费、过组织生活。
住院后，卢永根还主动向农学院党委申请成立病房临时党支部，所有党员每月按时足额缴交现金党费、过组织生活。今年3月，“卢永根院士病房临时党支部”成立，每月支部成员把党和国家重要方针政策、华农科研最新动态带到他的病床前。