1．防伪税控IC卡抄税。这一部分与每个月报税期进行的征期抄税相同，抄税后可以在“状态查询”中看到“报税资料”变为“有”。
2．防伪税控远程报税，等待比对。选择“远程抄税”模块，点击“报税状态”按钮，看到“可以进行远程抄报”提示，点击“确定”按钮后，点击“远程报税”按钮，这时防伪税控开票系统开始向税务局传送报税数据。
3．数据提交成功后，企业可查看传送报税数据是否成功，方法是：点击“报税结果”，如果处理状态为“已处理”且错误号为“271D”，说明上传成功。这时，防伪税控开票系统需要等待电子申报数据的上传。
4．增值税网上申报及扣款。企业以“证书登录”方式登录网上纳税申报系统后，系统会自动下载当前征期的报表，点击软件左侧“报表”标签，系统自动显示已核定税种的申报表。
5．申报数据上传成功后，在左侧报表菜单栏中选中已经上传过的税种，点击上方工具条中“受理结果”选项，如果无税则提示“申报成功”字样。如果有税，且签订三方协议的纳税人，将提示是否扣款，扣税成功后提示“扣款成功”
字样。
6．如果提示“扣款失败”字样，请于征收期内，携带申报资料到主管征收机关处理。未签订三方协议的纳税人则提示打印“通用银行缴款凭证”，请纳税人携带“通用银行缴款凭证”到开户行缴纳税款。
一、一般纳税人和小规模纳税人的区别
①使用发票不同。
小规模纳税人销售只能使用普通发票，不能使用增值税专用发票，购买货物与一般纳税人相同，可以收普通发票也能收增值税专用发票，二者收取增值税专用发票后帐务处理不同．一般纳税人按价款部分入成本，税款部分入＂应交税金－－应交增值税－－进项税额＂帐户；小规模纳税人则按全额进入成本．
②应交税金的计算方法不同。
一般纳税人按＂抵扣制＂计算税金，即按销项减进项后的余额交税．小规模纳税人按销售收入除于（11适用税率）后的金额再乘税率计算应交税金，工业6％，商业4％。
③税率不同。
一般纳税人分为0税率、13％税率、17％税率。小规模纳税人，商业企业按4％；工业企业按6％，（免税的除外）。
（一）认定条件：
1）主要从事生产或提供应税劳务（特指加工、修理修配劳务）的：年销售额在100万元以上的，可以认定为一般纳税人，100万以下的为小规模；2）主要从事货物批发零售的：年销售额180万以上的可以认定为一般纳税人，180万以下为小规模。工业企业年销售额在100万以下的，商品流通企业年销售额在180万以下的，属于小规模纳税人；反之，为一般纳税人。
（二）税收管理的规定：
1）一般纳税人：销售货物或提供应税劳务可以开具增值税专用发票；购进货物或应税劳务可以作为当期进项税抵扣；计算方法为销项减进项。
2）小规模：只能使用普通发票；购进货物或应税劳务即使取得了增值税专用发票也不能抵扣；计算方法为销售额×征收率。