人脸识别系统作为一种生物识别技术，涉及个人隐私和信息安全问题，因此在企业内部使用时需要慎重考虑员工的合法权益。根据《个人信息保护法》和《网络安全法》等相关法律法规，企业在使用人脸识别系统时需要获得员工的明确同意。
首先，企业在使用人脸识别系统前应该向员工充分说明使用目的、方式、范围等相关信息，并征得员工的书面同意。员工应当被告知其个人信息的收集、存储、使用等情况，并对这些信息的使用目的和方式进行明确的说明。企业可以通过签署相关协议或者在员工手册中明确说明，以确保员工对人脸识别系统的使用有充分的知情权和选择权。
其次，企业在使用人脸识别系统时应当建立严格的信息安全保护机制，确保员工个人信息的安全和保密。企业需要制定完善的安全管理制度，限制人脸识别系统的使用权限，防止信息泄露和滥用。对于人脸识别数据的存储和传输，企业需要采取加密等措施，防止未经授权的访问和使用。
除了法律法规的要求，企业在使用人脸识别系统时也应考虑员工的舒适和便利性。可以通过教育培训员工，让员工了解人脸识别系统的工作原理和安全性，增强员工对其合法合规性的信任感。同时，企业也可以设立隐私保护机制，让员工随时可以撤销对人脸识别系统的授权，保障员工的隐私权。
在具体操作中，企业可以参考其他企业的做法，了解行业内的最佳实践，寻求专业的法律顾问或者隐私保护专家的意见，以确保人脸识别系统的合法合规性和员工权益的保护。
总之，企业在使用人脸识别系统时需要获得员工的明确同意，建立严格的信息安全保护机制，提高员工对系统的信任感，并遵守相关的法律法规和最佳实践，以保障员工的合法权益和个人信息安全。