村"两委"换届是党的基层组织建设的固本强基工程，目前的乡村级换届选举工作存在着一些不可忽视的问题，处理不好，对换届选举工作有可能造成一些负面影响，这些问题主要表现在以下几个方面：
部分村"两委"干部存在不稳定的思想认识问题。部分村"两委"干部担心工作中坚持原则会对自己带来影响，有怕得罪人的思想，少数对连任无望的村"两委"干部，不认真履行职责，对现在担任的工作敷衍塞责，影响工作正常开展；极少数村干部心理不平衡，抱着"有权不用，过期作废"的思想，不执行公开办事制度，从中谋取私利。
部分村历史遗留问题为换届选举埋下了隐患。一些村支两委存在历史欠债问题，有些甚至是呆帐、现象帐，收回无望，有的村组账务由于时间过长难于理清，群众意见大。部分村任期承诺解决一些群众反映意见较大的问题迟迟得不到解决，群众对村"两委"出现信任问题。
外出务工经商群众较多，增加了选举组织的难度。"打工经济"的兴起，造成了农村大量的农民举家外出，在选举时，除部分法制意识较强的群众有可能返乡参加选举外，大部分外出人员均不能返村参选举，势必会让部分群众产生选举不民主的想法。特别是举家外出的这部分群体，大多去向不明，地址不详，给选举工作增加组织难度。
农村党员、干部队伍出现年龄梯队脱节问题，选人用人面窄。目前农村党员队伍年龄结构均有不合理现象，有能力的年轻人大部分长年在外，农村党员发展效果不是很明显，党员队伍出现脱节，现有的党员不仅年龄大文化低，而且思想跟不上形势，群众公认并且有一定威信的经济能人、发展能人，嫌村组干部报酬低、无干头，还没有外出务工实惠，不愿进入村"两委"。
上述这些问题对顺利开展村两委换届选举工作有着举足轻重的作用，只有协调处理好这些问题，才能保障村两委换届工作顺利的开展。