唐朝时期，我国出现了玄奘和鉴真两个有名的圣僧，他们一个西行一个东渡，为佛学的传播做出了卓越的贡献。玄奘生前在陕西大慈恩寺修行，而扬州的大明寺也因为有了鉴真而闻名天下。
大明寺始建于南朝宋孝武帝大明年间。隋朝时期，皇帝杨坚下诏于全国建塔30座供养佛骨，大明寺建“栖灵塔”，所以大明寺又称“栖灵寺”。唐朝时期，大明寺被大火焚毁，经过僧人的修复，这里仍然比较荒废。后来，北宋欧阳修和明代吴秀都纷纷修整重建大明寺，乾隆也下江南时将寺院改题为“法净寺”。新中国成立后，为纪念鉴真和尚逝世1200周年以及迎接鉴真和尚像回国巡展，寺院进行全面翻修，并沿用最初的名字大明寺。