会不一样，学校第一次查重是论文初稿检测，而第二次查重是论文终稿检测，一般学生经过第一次查重后，会对论文重复率进行修改降重，因此第二次的查重结果大概率会和第一次查重结果不一样，除非学生第一次查重后并未修改论文内容，那么两者的查重结果会相同。正常情况下，学生对论文初稿进行修改后，第二次查重时都能使论文重复率降低。