购买50年产权的房屋，大多不能申请公积金贷款。另50年产权或者40年产权的住宅，如采用银行贷款的方式，只能得到五成或六成按揭，贷款利用为基准利率的1.1倍。过去这曾经是50年产权房屋的一大“硬伤”。但随着各地纷纷将第二套住宅首付比例上调为6成，正规住宅产品反而身处劣势。
按公建用途规定，50年产权住宅的水、电、暖等使用费用都采取商用价格，且没有天然气入户。很多开发商在前期开发中与政府部门“求情”，能按民用价格缴纳，但毕竟名不正言不顺，未来存在变数。因此购房者应该在购房时询问清楚。
1. “五证”不全。商品房之所以公开出售，其主要是具备开发的条件，“五证”齐全，即国有土地使用证、规划许可证、规划工程许可证、施工许可证、商品房预(销)售许可证，而“小产权房”由于缺乏国有土地使用证，也就谈不上规划许可证等“四证”。
2. 拆迁无法得到补偿。五十年产权房实际上是属于在政府规定范围以外的违章建筑，如果和国家的规划相冲突，就极有可能被拆除，但是因为其不受法律保护，因此也不会得到拆迁安置补偿。
3. 质量难以保证。五十年产权的房屋质量没人监督，通常会在建筑的时候偷工减料，存在安全隐患，而且由于这类房屋一般由土地所在村开发，因此入住后的物业管理也极容易出现问题。
4.不能上市买卖。五十年产权虽然便宜，但是因为不被国家承认，所以不能上市交易，房屋也就不存在增值的可能性，拿来买房的钱一旦遇见房屋毁损的情况，就只能是一去不复返，就连搬家也受到限制。